他们想把北京城这“都市计划的无比杰作”，作为当时全世界仅存的完整古城保存下来，成为一个“活着的博物馆”留给后人。然而，他们一生志业所系的古建筑研究与保护工作，尤其是北京城前景的规划，注定要在此时遭到最严重的挫败。
从1953年5月开始，对古建筑的大规模拆除开始在北京这个城市蔓延。时任北京市副市长的吴晗担起了解释拆除工作的任务。为了挽救四朝古都仅存的一些完整牌楼街不致毁于一旦，梁思成与吴晗发生了激烈的争论。由于情绪过于激动，梁思成被气得当场失声痛哭。《城记》里有这样的记载：“毛泽东对上述争论定了这样的调子：‘北京拆牌楼，城门打洞也哭鼻子。这是政治问题。’”
但更令他难过的还在后面。当时的北京还有四十六公里长的明清城墙完整而巍然地环抱着，林徽因称之为“世界的项链”。1935年，她在自己的小诗《城楼上》还曾写道：“你爱这里城墙/古墓，长歌/蔓草里开野花朵。”她有一个绝妙的构想，让城墙承担北京城的区间隔离物，同时变外城城墙和城门楼为人民公园，顶部平均宽度约十米以上的城墙可砌花池，栽种花木;双层的门楼和角楼可辟为陈列馆、阅览室、茶点铺，供市民休息娱乐、游戏纳凉。
林徽因为自己的设计画出了草图，幻想着全世界独一无二的“空中花园”，幻想着一场视觉的盛宴。然而，城墙公园计划注定只能是一个纸上风光了。北京市的规划不仅仅拆毁了物质性的城墙、城楼这些“土石作成的史书”，也葬送了林徽因的杰作。“五百年古城墙，包括那被多少诗人画家看作北京象征的角楼和城门，全被判了极刑。母亲几乎急疯了。她到处大声疾呼，苦苦哀求，甚至到了声泪俱下的程度。……然而，据理的争辩也罢，激烈的抗议也罢，苦苦的哀求也罢，统统无济于事。”
所有保护北京的建筑、历史和文化遗产的努力，因为与新时代的城市规划大相抵牾，一条完整的明清城墙转瞬之间即化整为零，大部分城砖被用作修房子、铺道路、砌厕所、建防空洞。这对于林徽因来说无疑是一场噩梦。一次出席文化部酒宴，正好碰上也是清华出身的北京市副市长吴晗，她竟在大庭广众下谴责他保城墙不力。她痛心疾首地预言：等你们有朝一日认识到文物的价值，却只能悔之晚矣，造假古董罢。
历史验证了她沉痛的预言。四十年后，大约是1996年的岁末，北京市开始修缮一小部分破损的明清城墙，整个北京城都掀起了一场捐献旧城砖的活动。当然这个景观林徽因没有看到，恐怕也是她不想看到的。
古都北京终于在林徽因的美丽梦想中沉沦了。五百年来从改朝换代的兵灾中得以完整幸存的北京古城墙，却在和平建设中被当作封建余孽彻底铲除了。她在病榻上眼睁睁地看着，却无能为力。
1955年，林徽因住进了医院。为避免刺激，众人封锁了批判梁思成的种种消息，但她从细微处都察觉出来了。忧愤交加，拒绝吃药，终于在那个冬天，林徽因离开了梁思成，也离开这个世界。史景迁说，她是“在寒风凛冽的北京，在最后一堵庞大的古城墙颓然倒塌之时”死去的。
林徽因的遗体安葬在八宝山革命烈士公墓，整座墓体是由梁思成亲手设计，墓身没有一字遗文。
“一身诗意千寻瀑，万古人间四月天”。世人断不了昨日的旧梦，跨入二十一世纪后，海峡两岸又开始共同打造一个“崭新的”林徽因——因为那一代知识分子群体的独特气质已无从复制，我们这个时代可以生产成批的珠光宝气、魅影四射的明星，但却已经不可能再造具有同样气质的“林徽因”了。所以在大众媒体中，林徽因以一种令人诧异的形象出现，比如在《人间四月天》里，一代才女却变成了卿卿我我的小女生。这的确是一种遮蔽、遗忘与误读，引来林氏后人严重抗议，也是不足为奇的。当然更令人遗憾的是，那个时代的温润风华，早已不堪历史激烈演进的冲击而渐行渐远了。