女孩病重。主治医生说，女孩最多能挨上三个月。男孩挨了当头一棒，撕心裂肺地求医生，医生也很理解男孩的心情，但仍然摇了摇头。那晚，男孩守在女孩病床前，女孩已沉沉睡去，见着曾经美丽清秀的女孩变成现在这样娇弱惨白，男孩心痛，真想把女孩的病转接到自己身上。
从获知女孩还有几个月生命那天开始，男孩就天天守着女孩，几乎寸步不离，他害怕出病房的一个小空隙女孩会离他而去。女孩感谢男孩的照顾，见着男孩日渐消瘦下去的脸庞，女孩难过了。她对男孩说，这里有医生护士的照料，你不用担心，回去做你的事吧。男孩不停女孩的，他怎么能够离开女孩!
一天，男孩发现女孩的病房空了，女孩不见了，男孩天晕地转，发疯般在医院廊道里奔跑。那刻，他感到整个世界都在往下陷。当他看到女孩坐着轮椅由护士推着从医院花园回来时，他几乎扑过去，半跪在女孩面前，捧着女孩小巧冰凉的手，那刻，他深知女孩在他生命中有多么重要。女孩的笑在午后的阳光里格外明净，女孩说，城郊有一棵许愿树，听说有千年之久，每个诚心许愿的人都会实现心中愿望，你去给我许个愿吧。
男孩点头，含泪说，我去，我不在的时候，你一定要好好照顾自己。
女孩说的那棵许愿树是棵百年老树，并非真的千年。每天，男孩从城里坐车去郊外，在树下许上半小时的愿，然后坐车返回。这是一条偏僻的道路，每天只有一班车，早上8点出发，下午3点返回，也即是说，男孩一整天都奔波于路途上，只有晚上才有时间陪在女孩的身边。每次女孩问他许愿的情况，都提醒他许愿时千万不能分神，要虔诚，否则会不灵的。男孩只有一个愿望，希望女孩尽快好起来。
半月后，女孩毫无起色，男孩面对许愿树不知播下了多少虔诚的心语，但是每次回来一见到女孩，他就更加担忧，女孩一天比一天苍白虚弱，头发一天天的掉落。有一次，男孩握着女孩的手，感到女孩很脆弱，似乎稍一用力就会断裂。女孩好像一点不忧愁，见了他，仍是以前那副小女生的淘气样，只是明显有受过摧残的痕迹，那笑那撅嘴那娇嗔，似乎毫无生气。
男孩不愿再去许愿了，他要一直陪着女孩，离开一分钟也不愿意。女孩生气了。女孩娇嗔吁吁，像已用尽了全身力气，男孩不忍心女孩这样，只好又去许愿，但女孩没有让男孩去许愿树那里，他叫男孩去外省某市的许愿石那里。据女孩说，那是大禹时留下来的神石，几乎每个许愿的人都能实现愿望。男孩不依了，因为去外省，路途遥远，那他要和女孩分开好几天，他一天不见女孩就活不下去，别说几天。女孩赌气说，你光守着我有啥用，你去许了愿，没准等你回来的时候，我已经病好了，能下地跑步了。男孩泪水溢了出来，含着女孩的手点着头。
经过两天两夜的长途跋涉，男孩终于来到女孩所说的某市，一打听，哪有什么许愿石，根本就是假的，男孩一下愣住了，有些茫然。他这时回忆起了女孩在他离开时望着他的那种眼神，他突然预感到了什么。男孩立即向回赶。
男孩终究还是晚了，因为女孩已在他走的第二天晚上离开了这个世界。男孩绝望而悲伤，使劲捶着医院的墙壁，直至白净的墙上染上腥红。
男孩去了墓园，在女孩的墓前献上一束玫瑰。
清理女孩遗物的时候，男孩翻到了女孩写给他的一封信。看完信，男孩抱头痛哭。原来，女孩一直在骗男孩，根本没有什么许愿树许愿石，她不想让他难过忧愁，所以才编织了“许愿”的谎言。其实，女孩心里一直都在许愿，虔诚地许愿，不为自己，为男孩，为天下有情人。希望她和男孩不能结合的悲剧永远不要降临在那些有情人身上。
女孩在信的最后说，我已许下一千个愿望，不妨奢侈贪心一回，再多许一个，这个愿望就是让他不要看见我死时的模样。
这样，女孩已经实现了她心中的一千零一个愿望。