豁牙在"时光的牢笼"里过了三百年，而高少林也等待了漫长的一个月。
豁牙释放的那天，6月的艳阳高照。高少林却躲在高墙下的阴影里，他在等待一个时机。豁牙走出来的步履老态龙钟，和他的年龄极不相符。他的嘴唇微张，像是在维持着最后的呼吸，他的豁牙暴露了他"三百年前"的身份。
高少林冲出了阴影，手里的匕首飞快地扎进了豁牙的大腿。豁牙没有叫喊，而是怔怔地看着高少林，茫然地笑了。豁牙的笑里没有了邪恶，那只是一种苍老的笑意，麻木而痴呆。高少林拨出了匕首，这一刺并不致命，但豁牙已经摇摇欲坠。高少林扶住了豁牙，掏出了电话，拨通了医院的急救电话，也拨通了邢军的电话。他在电话里只说了一句："请告诉李求真教授，我入狱了。"
这一次，接受审判的人是高少林。蓄意伤人，被判关进"时光的牢笼"服三级苦役一天。短短的一天，等于十年的三级苦役。而更具讽刺意味的是，他服刑的第二天，也就是他释放的那一天，正是高考的日子。
邢军把这个消息告诉李求真。李求真只轻轻地叹息了一聲，并没有任何表态，转身进了监狱的刑罚设定室。
一天，24小时，1440分钟，86400秒。在时光的牢笼里，每一秒都会拉长，而高少林就在这拉长的时光里熬着他漫漫的十年刑期。
太阳升起又落下，很快，也很慢。第二天仍然是一个艳阳高照的日子，高少林走出了"时光的牢笼",他的脸上多出了一丝成熟和沧桑，他真的在一夜之间老了十岁，但他眼神里的坚毅却丝毫没有减弱。
来接高少林出狱的是邢军，他总感觉高少林有些不对劲，但具体是哪里不对，也说不上来。高少林既然想报仇，为什么不直接杀死豁牙，却只将他捅伤？
邢军让高少林上了车，问道："我们可以谈谈吗？"
高少林礼节性地微微一笑："当然可以，不过，你可以先送我去考场吗？一切等我考过以后，再和你细说。"
邢军看着高少林走入考场的背影，他突然恍然，如果没猜错，高少林的秘密他已经知道了，他不需要什么所谓的答案了。
高考放榜的那天，邢军接到了高少林的电话，高少林请邢军赴他的谢师宴。邢军放下电话，笑了。他打开电脑搜索了一下，没错，今年本市的高考状元出乎所有人的意料，竟然是一个失足少年，他的名字叫高少林。
谢师宴在一个不起眼的小饭店里。邢军走进包厢，看见了李求真，更让他吃惊的是，还看到了豁牙。豁牙穿得非常整洁，只不过人是痴呆的。席间，高少林都在一丝不苟地照料着这个未老先衰的流浪汉。
李求真那天喝醉了，作为一名严谨的科技人员，他那天说了很多话。他说："有时候一种新科技的诞生，赋予它真正价值的并不是科学家本人，而是利用他的人。"
高少林去找李求真教授的时候，并不是为了加重豁牙的惩罚，而是要求李求真让他进入"时光的牢笼",他需要时间，他想考上大学，完成母亲的遗愿。但李求真教授不敢同意，因为这是监狱的专利，他没想到这孩子竟然敢铤而走险，主动入狱。他的要求只是，让李教授在设定苦役等级的时候，将"明智"的高考复习资料输入进去。
十年的苦役，十年的学习。高少林在三级苦役里熬了十年，余下的时间都在不断地学习。这十年里，高少林学会的不仅仅是知识，还学会了谅解和宽容。时光的牢笼，这项科技，永远不会成为学习的小黑屋，因为这对同样求学的孩子来说，并不公平。但有一点，李求真教授不会忘记，"时光的牢笼"里曾真的飞出过一只涅槃的凤凰。
谢师宴毕，高少林带着豁牙来到了母亲的坟前，痴傻的豁牙茫然地拔着坟边的枯草。母亲墓碑上的相片，是她唯一笑过的相片。这张相片，是高少林选的。
高少林手捧大学录取通知书长跪不起，他想问问母亲："妈，你能原谅我吗？"而他的母亲，只是在墓碑的相片里静静地微笑……