在结束辩护律师的直接盘问后，李昌钰必须接受检方检察官的交叉盘问。在盘问前，伊藤法官就警告检察官：“李博士的公正程度你们检方早就知道，不必花时间质疑他的立场及信用，点到为止即可。”
检察官十分客气，左一声“李博士”，右一声“李博士”，始终没有动摇他的结论。
检方在提供证据时，曾向陪审员介绍了在班迪街案发现场的前院大门上找到几滴血，经DNA鉴定证实为辛普森的血迹。先前辩方律师曾经攻击DNA血滴检验不该使用PCR法，检察官便想利用李昌钰推翻辩护律师的质疑。他问道：“李博士，您所主持的化验室侦案无数，也经常使用DNA来检验血液，你们是否使用PCR的方法进行DNA测试？”
李昌钰回答：“是的。”
“您在刑事案件中是否利用PCR法来作为指证或排除被告是否涉案的证据？”
“是的，因为这个方法是刑事界普遍认定的DNA检测方法。”李昌钰回答。
第二天，新闻媒体纷纷报道：辩护团请来的顶尖专家证人竟然否定自己人的说法，这无疑是搬砖砸脚。但李昌钰身为科学家，只能实事求是地把科学证据呈现给陪审员。
案件结束后，负责侦办此案的女检察官克拉克改行做了电视节目主持人，并邀请李昌钰上节目。在节目中，她单刀直入地问：“既然你承认在案发现场的血迹经DNA检验是辛普森的，又为何帮辛普森作证？”
李昌钰说：“假设在这次访问中，您那美丽的头发不知何故沾到我的裤子上，回家后，我太太发现我裤子上有头发，拿到化验室去鉴定DNA，结果证实是您的头发。然后她就查问我今天跟您做了什么见不得人的事情，我就有大麻烦了！但是我们没有做任何不轨的事情。因此，即使DNA检验结果证明了某根毛发或某些血迹是某人的，也不能直接证明这个人就做了这些坏事。”
9月29日下午，法院将整个案件交给陪审员讨论裁决。10月2日，12位正式陪审员开始闭门讨论，大家都在法庭外焦急地等候。由于这宗案件审理时间很长，证人及证据很多，许多人估计陪审团至少需要一个星期才能达成裁决。但在讨论开始的第一天，陪审员就要求法院重新提供礼车司机的证词，4个小时后，陪审员宣布达成裁决。
10月3日上午10时，全美的媒体焦点都集中在洛杉矶高等法院大楼里，陪审员宣布：辛普森无罪。不过，至今为止，仍有七成美国人认为辛普森有罪，记者往往问李昌钰，为何替可能有罪的被告作证。他的回答是：“刑事鉴识最重要的是物证，以及现场重建的工作。如果没有完整的证据，就只能做部分重建。这个案件就是只能进行部分重建的案件。本案中洛杉矶警察局的刑事化验室在DNA方面有80%是对的，但其余部分有瑕疵。严谨的科学工作者就是要把所有的疑点报告出来，希望检方能合理地答复，而不是证明被告到底有罪还是无罪。判断被告是否有罪的，是陪审员或法官，不是刑事鉴识人员。”