然而，剑桥大学的教职并未将牛顿带入桃花源。当时贝若的职位有很多人在背后垂涎，牛顿一接任，立刻感受到号称学术自由、独立的大学里面众多的派系纷争、人事倾轧。喜欢安静思考、不爱交际的牛顿被排挤，成为权力圈外的边缘人。
牛顿的老友魏克金斯写下：“牛顿看起来更孤独、沉默，30岁不到，头发已经半白。”牛顿下定决心不涉入这些纠纷，不管人家怎么中伤他，他只把努力放在科学研究与对基督的信仰上。
慢慢地，他将更深的思索与实验结果写成旷世名作《原理》一书。这本书不只记载了牛顿的科学发现，也反复提到他的“机械论”与神的关系。
年，牛顿加入英国皇家学会——英国最高级别的科学研究学会。《原理》的出版，对全欧洲的科学界是一大震撼，引来称赞也招来攻击。牛顿说：“一个人如果控制不了自己的脾气，脾气将控制你。”引导牛顿一生的，是信仰而非起伏不定的脾气。三
牛顿并非科学研究上的常胜将军。他从1669年至1691年长期研究实验化学，并没有取得什么突破，不过因此结识了有“近代化学之父”之称的波义耳，两人通信长达16年。年长的波义耳不仅在研究工作上帮助牛顿，更重要的是在牛顿遭受猛烈抨击的时候，他的榜样力量坚固了牛顿的信仰。牛顿身为一个杰出的科学家，喜欢公开表达自己的信仰，又具有不擅与人交际、喜爱独自安静工作的个性，现实社会对他这样的人有时是非常残酷的。
当时宗教分子攻击他有一流的科学，却有三流的神学;科学分子攻击他有一流的神学，却有三流的科学;政治分子攻击他的科学、神学、人际关系都属三流;有人看他孝顺母亲又终身未婚，就中伤他心理不健康，现今还有人说牛顿有恋母情结;有人看他对学生好，就说他有同性恋倾向……这种种无情的攻击搞得牛顿几乎发疯。
年，日内瓦来的拜特教授大力抨击牛顿，称他是“伦敦先知”，说：“牛顿的万有引力定律来自对宗教的默想，而非科学的发现……他必须撇清——如果这是科学，就不要说上帝如何如何;如果是与上帝有关的，就不要放入科学范畴。”
拜特一开炮，许多人就群起围攻牛顿。丝毫没有防备的牛顿几乎赤裸裸地站在科学的刑场上，接受无情的攻击。
年9月30日，牛顿写下：“我陷入极端的难过中。过去的12个月，我无心进食，也无法安稳地入睡，我心动摇，无法思考。”无情的攻击持续下去，1694年，有人中伤牛顿与女人搞不正当关系。1695年，牛顿几乎精神失常，各地都传言牛顿死了。牛顿百口莫辩，只有退出人群，他写道：“斯宾塞的《希伯来律法》一书成为我困难中的安慰。”
在英国国王出面，任命他为“英国皇家学会会长”后，这些攻击突然就消失了。
牛顿在此后数十年，根据过去两年半受中伤的经验，坚持给科学界建立“诚实的体系”，而他本身就是最好的模范。四
牛顿晚年名满欧洲，步入老年后，他最大的乐趣就是跟小孩一起玩。一天，他对他的小侄儿讲：“我不知这个世界将来怎么看我，对我而言，我就像一个在海滩玩耍的男孩，偶然间发现了一块比较圆的石头和一枚比较漂亮的贝壳，觉得很愉快，但是在我面前，尚未被发现的石头、贝壳仍然不计其数。”
牛顿逝于1727年，晚年他写下：“在任何环境下，都要守住耶稣基督救赎的真理与最大的诫命——爱人如己。”