此时京城里也正热闹，多尔衮组织人马隆重地迎接清世祖顺治帝入关，在北京建立了大清朝廷，准备全盘控制整个江山。为了表彰吴三桂开关请兵之功，清朝廷册封他为平西王，并赏银万两，吴三桂竟然也不加思索地接受了下来。这样一来，当初请兵相助的初衷完全变了质，不折不扣地成为开关延敌的民族叛徒。
崇帧帝自缢殉国后，福王朱由崧在南京重新组建了南明新朝廷。新朝廷深知吴三桂手握重兵，举足轻重，因而遣特使前往绛州，欲封吴三桂为蓟国公，并从海路运米三十万担、银五万两犒劳吴军。不料吴三桂因已受封于清廷，不肯再接受南明皇朝的这一套，他已经决定彻底归附于满清手下了。陈圆圆曾起心劝吴三桂弃清返明，以尽忠义之道，可惜吴三桂已是执迷不悟，一门心思地混下去了。
清顺治二年，吴三桂继续协助清兵西讨，由山西渡黄河入潼关，攻克西安，将李自成的力量彻底消灭。随后，他又风尘仆仆，东征西伐，为清廷统一中国立下了汗马功劳。最后他为清廷拿下了西南一带，将最后一个南明小朝廷——永历皇朝赶往缅甸，清廷诏令他坐镇云南，总管西南军民事宜。此时已是顺治十四年，吴三桂可以说是功成名就，他将五华山的永历皇宫重加修茸，建成了平西王府，踌躇满志地经略所辖领地，俨然就是西南边地的土皇帝。
在吴三桂戎马倥偬的那些年里，陈圆圆紧随其左右，为他消愁增乐，简直成了他的精神支柱。可是在政途选择上，吴三桂并不听从陈圆圆的劝导，不惜将曾是自己君主的大明皇朝置之死地，使大江南北掀起滚滚硝烟，陈圆圆默默看着这一切，不免黯然神伤。在昆明稳定下来后，吴三桂冠冕堂皇地以王爷自居，并提出封陈圆圆为平西王妃，不料陈圆圆却不肯接受，她提出：“妾出身卑微，德薄才浅，能蒙将军垂爱已属万幸，实在不配贵为王妃，宁愿作侍妾追随将军左右！”陈圆圆此举着实令吴三桂费解，别的女人不惜争风吃醋为的就是一个名位，她竟然把送上门的恩惠拱手推出。
为何陈圆圆会做出这样不可理喻的事来呢？且看她此时写的一阕“丑奴儿令”：
满溪绿涨春将去，马踏星沙，雨打梨花，又有香风透碧纱。
声声羌笛吹杨柳，月映官街，懒赋梅花，帘里人儿学唤茶。
词中所绘并非眼前之景，而是此时之情，满怀落寞消沉，便是陈圆圆这时的心境。经历了十几年的坎坎坷坷，惯看了人世间的沉浮起落，生生死死晃如过眼烟云，她对一切都已看淡。何况她也明白，为了自己吴三桂不惜引外族入关，毁灭大顺王朝，背弃朝廷及家人，落下了重重罪名，这一切虽然谈不上是她的过错，可毕竟与她有关，让她自感罪孽深重，哪里还有什么心思去作王妃。
顺治十八年，吴三桂以兵势从缅甸索回了永历皇帝，陈圆圆认为这是拥明复清的好时机，连忙力劝吴三桂趁此机会推出水历帝，对清廷反戈一击，深切地说：“如此可成不世之功！”然而吴三桂却不想放弃到手的权位重新立马横刀，仍然将永历帝绞杀了。天下人为之大失所望，陈圆圆更是心灰意冷，深感已到万劫难复的地步；于是脱下华服霞帔，隐入净修庵中，日夜与古经为伴，不再为凡尘世事而烦心，吴三桂也对她的选择无可奈何。