百日咳杆菌不易在外环境中生存，仅能在上呼吸道粘膜中生长繁殖，随同飞沫进行传播，所以，百日咳的传播途径主要通过咳嗽时飞沫传播，在病人周围约2m以内都有吸入病菌的可能。百日咳杆菌在体外很快死亡，所以，很少通过衣物、用具等间接传播。
另外，人群对百日咳普遍易感、小儿时期尤其是婴幼儿时期最强，这是因为妊娠期间母体没有百日咳杆菌抗体由胎盘传给胎儿，因此，出生后的新生儿即可感染本病。
年龄愈小，死亡率愈高，患过百日咳后可获得持久性免疫力，一生得两次百日咳极少。
百日咳的病程较长，大约历经3个阶段：炎症期约1～2周，痉咳期约2～8周，恢复期约2～3周，再加上潜伏期约10天，整个病程约3个月左右。一般说来，百日咳自发病起均有传染性，但是在病程不同时期传染性是不同的，哪一个阶段传染性最强呢?经过医学研究，人们发现，百日咳病人炎症期时传染性最强。因为此时病菌在上呼吸道粘膜上大量繁殖，并随飞沫散播到体外;这时的病菌能产生较多的毒素，毒力强，致病性也很强，所以，百日咳病人在炎症期传染性最强。
此外，还由于在炎症期患儿症状较轻而易被人们忽视，病人因活动范围较大而传播疾病。因此，要特别注意处于炎症期的百日咳病人，对可疑的患儿，要仔细观察，尽早去医院，早期诊治，及时隔离，以免造成百日咳流行。