1999年9月，阿里巴巴网站建立起来了，马云立志要使之成为中小企业敲开财富之门的引路人。10月，阿里巴巴获得以高盛牵头提供的500万美元风险资金，马云立即着手的一件事情就是，从香港和美国引进大量的外部人才。
马云对外宣称“创业人员只能够担任连长及以下的职位，团长级以上全部由MBA担任”。当时，在阿里巴巴12个人的高管团队成员中除了马云自己，全部来自海外。
接下来几年，阿里巴巴聘用了更多的MBA，包括哈佛、斯坦福等学校的MBA，还有国内大学毕业的MBA。但是后来这些MBA中的95％都被马云开除了。马云后来回忆道：我跟北大的张维迎教授辩论，首先我承认我水平比较差，95％的MBA都被我开除掉了，难道他们就没有错吗?怎么可能95％都被我开除掉?肯定有错。因为这些MBA一进来跟你讲年薪至少十万元，一讲都是战略。每次你听那些专家跟MBA讲得热血沸腾，然后做的时候你都不知道从哪儿做起。
马云说，进商学院首先学什么?作为一个企业家，小企业家成功靠精明，中企业家成功靠管理，大企业家成功靠做人。因此，商业教育培养MBA，首先要教的是做人。马云对这些MBA的评价是：“基本的礼节、专业精神、敬业精神都很糟糕。”这些人一进阿里巴巴就好像是来管人的，他们一进来就要把前面的企业家的东西都给推翻。
马云从不否定那些职业经理人的管理水平，他们的水平如同飞机引擎一样，但问题在于，如此高性能的引擎适合拖拉机吗?马云由此总结出一个关于人才使用的理论：只有适合企业需要的人才是真正的人才。他把当初开除MBA的事情做了一个比喻：就好比把飞机的引擎装在了拖拉机上，最终还是飞不起来一样，我们在初期确实犯了这样的错。那些职业经理人管理水平确实很高，但是不合适。公司当时的发展水平还容不下这样的人。
长期以来，在不少人眼里，只有高学历、高职称的人才能算是人才，否则即使有通天的本领，没有一纸文凭或职称，也不能称其为人才。但是，西方却有这样一句名言：“垃圾是放错位置的财富。”是不是人才，关键是看把它放在什么位置上，让他去做事，只要他在这个位置上能够做好，做出成绩来，他就是人才；如果不行，即使顶着再多的桂冠，他也不是人才。所以，从某种意义上说，“适用”即人才。马云在办公室的墙上挂着一幅题字：“善用人才为大领袖要旨，此刘邦刘备之所以创大业也。愿马云兄常勉之。”这幅字是金庸2000年的时候给马云题的。马云说：“我挂在办公桌前面，这是给自己看的，挂在后面是给别人看的。天天看到这个，也是对自己的一种提醒。”
造就一个优秀的企业，并不是要打败所有的对手，而是形成自身独特的竞争力优势，建立自己的团队、机制、文化。我可能再干5年、10年，但最终肯定要离开。离开之前，我会把阿里巴巴、淘宝独特的竞争优势、企业成长机制建立起来，到时候，有没有马云已不重要。要确保组织发展既平稳又迅猛，就要保证阿里巴巴无论发展速度有多快，都能在需要用人的时候有人可用。
如何才能形成团队自身的竞争机制呢?马云认为最主要的还是要靠学习。
“前些天，我组织公司的一些高层看《历史的天空》。这是一部很好的电视剧，讲述了一个农民如何逐步成长为将军的故事。主人公姜大牙一开始几乎是个土匪，但是通过不断学习、实践，不仅学会了游击战、大规模作战、机械化作战，而且还融入了自己的创新，最终成为一个百战百胜的将军。与众多的中小企业一样，阿里巴巴也希望员工像姜大牙一样，不断改造，不断学习，还要不断创新，这样企业才能持续成长。”
在人才选拔上，阿里巴巴采取的是外部招聘与内部培养相结合的方式，其中内部培养是重点。在电子商务行业里，阿里巴巴已经走在了最前列，单纯依赖从其他公司大批量吸收成熟的人才，很难满足每年成倍增长的业务对人才的大量、高质的需求。阿里巴巴独特的文化氛围和价值观，外来人员也很难在短时间内充分理解。如果不能在价值观上达成一致，那么在长远业务上就很难形成统一的共识。因而阿里巴巴主要是以内部培养为主，包括“培养人”和“选拔人”两个方面。
在培训方面，阿里巴巴根据员工的层级、职能，将学习细分为：阿里党校、阿里夜校、阿里课堂、阿里夜谈和组织部。另外，针对庞大的销售队伍，阿里巴巴还组建了专门的销售培训部门；而“送课下乡”项目则确保了培训学习资源能到达一线员工住的地方。针对关键岗位的人才，阿里巴巴还设有“接班人计划”，针对不同岗位，制定胜任力模型，培养后备力量。
在阿里巴巴，由于业务发展迅猛，用人急迫，一些年轻的管理人员充满激情但是管理经验欠缺，不能有效辅导下属，带领团队创造整体绩效，造成下属无法得到充分的发展。所以，尽管目前市场上流行的是360度反馈，但是就阿里巴巴而言，更多的是采用员工座谈、“小字报”、管理论坛、调查访问等多种形式来满足管理人员了解下属感受、不断改进管理方式、调整管理理念的需求。
马云坚信，只有令个体不断增值的企业，才是员工向往的发挥个人价值的好平台。