这一时期游走于权力核心的上官婉儿，比在女皇时代更加如鱼得水。女皇时代，武则天是她的靠山，也是她的制约，武则天可以将她从罪臣孤儿提携到权力之巅，也可以将她再打人人间地狱。但是现在，皇帝李显对她都有所依恋，实际的掌权者韦皇后对她心存感激，老情人武三思权倾天下、一手遮天。所以这个时期的上官婉儿要风得风要雨得雨，正是八面玲珑、肆无顾忌、感觉最好的时候。可以这么说，在大唐的天空中，她已成为一颗红得发紫的星垦。
人在最得意的时候，难免会对即将到来的危机掉以轻心，上官婉儿也不例外。这个即将到来的危机源自太子李重俊。
李重俊是中宗李显之子，但非韦后所生，韦后的亲生儿子被武则天杖杀后，庶子李重俊就当上了太子，所以，韦后极不喜欢李重俊。韦后的掌上明珠安乐公主与丈夫──武三思的儿子，都瞧不起李重俊，竟然称他为“奴才”。更加不妙的是，李重俊听说野心勃勃的安乐公主正想效法祖母武则天，做一位女皇帝，而中宗李显居然说要向大臣们征求意见。
总之，按当时的局势发展下去，李重俊虽然是名正言顺的皇位继承人，但天下很可能是别人的。在李重俊看来，损害他利益的罪魁祸首正是武三思与上官婉儿。
当时，以武三思为权力核心的政治集团完全主宰了朝政，上官婉儿与武三思私通，也是尽人皆知的事。李重俊的逻辑就是，如果没有上官婉儿，武三思就不会得到宠信，武三思得不到宠信，韦后与安乐公主就不会那么嚣张。他的地位就不会岌岌可危了。尤其是上官婉儿，每次都在诏书中抬高武家，贬毁李家，这样的女人，必须诛之而后快。于是，李重俊联合羽林发动了一次宫廷政变，这次政变，差点让上官婉儿死无葬身之地。
经过这次劫难，上官婉儿似乎有些清醒了。她明白，武氏也好，韦氏也好，最终都不太可能承继天下，她更加看好的是李唐宗室的重要力量，即武则天的第四子相王李旦(李隆基之父)与太平公主。尤其是太平公主与上官婉儿的交情一向很好，二人一直都是武则天的亲信，在武则天死后，她们曾一度携手合作。但是由于一个男人的出现，两人成为情敌。
这个男人就是崔湜，比上官婉儿小六岁，20岁就中了进士，是一位会吟诗作赋的美男。客观地说，崔湜不仅长得漂亮，也确实有才。上官婉儿与崔湜互相仰慕、惺惺相惜，不知是在什么时间、什么地点，又是一个什么机缘，他们之间隔着的那层纸被点破了。一般认为是上官婉儿搬到宫外之后，两人才好上的。史书记载：“婉儿与近嬖至皆营外宅，邪人秽夫争候门下，肆狎昵，因以求剧职要官。与崔湜乱，遂引知政事。”
因为沉醉于对崔湜的爱欲激流之中，上官婉儿尽自己最大的努力，托举着崔湜的升迁仕途。上官婉儿44岁的时候，将崔湜提升为兵部侍郎，不久又拜为中书侍郎(正三品官)。仅过了一年，又提拔崔湜为同中书门下平章事(宰相)。也就是在这一年，崔湜因受贿破坏选法被御史揭发，赶出朝廷，贬为江州司马，又是上官婉儿游说奔走，说动安乐公主使他官复原职。次年，崔湜在商山道工程中，劳民伤财，没能完工，上官婉儿则不顾其半途而废的事实，虚夸其功，大加赞赏。
和祖父上官仪相比，上官婉儿似乎更容易陷入个人感情的漩涡不能自拔。对待武三思也好，对待崔湜也罢，大多时候处事还比较公正的上官婉儿，因为感情的亲疏严重影响了判断力，在公正与私情两者之间。不自觉地滑向了后者。
如果不是唐中宗李显的暴卒，上官婉儿与崔湜的好梦本来可以继续做下去的。
史书都说是韦后与女儿安乐公主太想当皇帝，迫不及待地毒死了李显。历史学家们对此非常怀疑，认为李显被妻子和女儿毒死是一桩千古冤案。不过是李隆基编造出来的一个讨伐韦后的借口而已。
公元710年，相王李旦之子李隆基联合太平公主，起兵杀入宫中，诛讨韦后及其党羽，韦后、安乐公主相继被杀。在震天的喊杀声中，46岁的上官婉儿表现得异常平静，她将自己收拾齐整，让宫女列队，举着蜡烛迎接李隆基的到来。
李隆基没有来，代他行刑的是大将刘幽求。上官婉儿拿出她与太平公主共同拟定的遗诏给刘幽求看，表明自己的立场，希望他网开一面，手下留情。
这是在中宗暴卒之后，为稳定局面，她与太平公主临时拟定了一份遗诏：“立温王重茂为太子，书后知政事，相王参决政务。”前两条是韦后的授意，最关键的是最后一条，让李隆基之父相王李旦参决政务，实际上是让李唐宗室牵制韦后的力量。
上官婉儿拿出这份诏书，就是为了让李隆基明白她的立场：诏书是她和太平公主共同起草的，说明她和太平公主是一个战壕的盟友，而太平公主和李隆基又是这次政变的主要发起者，何况诏书上有让李隆基之父李旦参政的内容，这足以说明上官婉儿依附李唐宗室的态度。
看得出来，上官婉儿对生命有多么留恋和珍惜，她不想死，她想到了那位亲密情人崔湜吗？中宗暴卒之前，为了情人崔湜，她甚至与一直私交甚好的太平公主发生了磨擦，因为，太平公主也同样喜欢崔湜。而当中宗死去之后，她重新认识到太平公主强大的力量，便又一次忍痛割爱，让崔湜投入太平公主的怀抱，因为只有依附这个新靠山，他们的情爱之路才能延续。
大将刘幽求被面前这位镇定、美丽的女人与这份诏书所打动，他下不了杀手。这么重要的事，还是向主子李隆基禀报一下吧！小说、野史这样描写李隆基的回复：“此婢妖淫，渎乱宫闱，怎可轻恕？今日不诛，后悔无及了。”因为上官婉儿先前与韦后走得太近，他不能仅凭一纸遗诏，就去相信她的立场。
上官婉儿还是被杀掉了。其实，在最后关头，只要太平公主发话，上官婉儿就可免除死罪。可惜，崔湜那个男人也是太平公主想要的，所以，对上官婉儿的死，她采取了袖手旁观的态度。
后来，不知是觉得愧疚，还是确实感念上官婉儿的绝代才华，唐玄宗下令收集她的诗文，一共辑成20卷，并召著名诗人张说为她写序。在张说的眼中，上官婉儿简直成了完美无瑕的女神，文字上能“摇笔云飞”，政事上“一日万机”、“应接如意”。或许，在文人的心中，文才与治世之才兼备的女人，是最让人敬爱的。