1999年6月因连续四年获吉林大学一等奖学金。
涉嫌绯闻
2008年5月，有网友在天涯论坛爆料，称央视刘芳菲等两名主持人被牵扯进魏东辞世事件，帖子更直指刘芳菲等二人绯闻。
网友"是吃素的"表示，涌金系掌门人魏东自杀，和国家开发银行某行长的贪腐案有关，而这位落马接受调查的行长，则是央视另一位女主持的前男友，且俩人也是通过涌金集团的关系而结识。
帖子认为"通过介绍女明星，变相行贿赂"，涌金集团可以从这位行长处获得巨额利润。刘芳菲的出现，是由于先前的这位女主持和该领导相处不合，涌金方面才将刘芳菲介绍给了这位领导。
帖子的最后写道"前不久，这位领导被立案调查，相关受牵连的人也接二连三被查，刘芳菲也被中纪委调查"。
魏东事件
2008年魏东自杀事件之后，一则名为《魏东自杀与央视主持刘芳菲有着千丝万缕的关联》的帖子惊现各大网络论坛，帖子中称涉嫌贪腐案正在接受调查的行长，是央视着名女主播王××的前男友，他们的结识也是由魏东介绍的，而魏东通过介绍女明星，变相进行贿赂，涌金集团从这位领导处获得巨额利润，并通过自身的基金运作给王××炒作巨额基金。可是由于王××与这位领导相处不合，而后涌金集团将刘芳菲介绍给了这位领导，两人迅速打得火热，并令涌金集团顺利地介入了很多黑幕操作，获利不菲。随着这位领导被立案调查，刘芳菲也被中纪委调查，而魏东的死也与此有关。
发文澄清
在网络传言甚广之时，刘芳菲并未在第一时间出面说明情况。而是在央视国际网站主持人博客栏目挂出了刘芳菲本人所写的博文，对最近的传言进行了澄清。
这篇名为《清者自清，谣言止于智者》的博文中，刘芳菲以第一人称的语气，对"近日关于我的谣言和诽谤"进行了澄清。
博文中，刘芳菲发表了4点声明，表示其自幼家教甚严，此后不论是在学习、工作，还是在生活中，均把持做人的基本准则，从未涉及任何不道德的情感纠葛。其次，刘芳菲表示其珍惜目前自给自足的生活，对金钱并没有奢求，更谈不上用不道德手段获利。迄今为止，其工作生活如常，传闻全部不是事实，"对于近期网络上对我的谣言和诽谤，不仅给我本人造成恶劣影响，更给我的家人带来很大伤害。对此，我已向公安机关报案，并委托律师全权处理相关法律事宜"。
卷入受贿
2010年3月30日，北京市第一中级人民法院公开开庭审理了国家开发银行原副行长王益受贿案。
北京市人民检察院第一分院指控，1999年11月至2008年2月，王益利用其担任国家开发银行副行长的职务便利，接受云南昆钢朝阳钢渣开发有限责任公司董事长周宏等人的请托，在企业经营、申请贷款等事项上为请托人谋取利益，索取、收受上述人员钱款共计折合人民币1196万余元，应以受贿罪追究王益的刑事责任。
李涛作证称，央视主持人刘芳菲（音）在北京买了一套房，月供上万元。于是，王益让李涛给了刘芳菲200万元，用于偿还房贷。后来王益事发被调查时，他让刘芳菲把200万元还给李涛，并让刘芳菲给了李涛4万元利息。
2010年3月30日，记者致电刘芳菲，当说出王益这两个字时，刘芳菲迅速地说："对不起，这个事情跟我没什么关系，我什么都不想讲。"随后挂断电话。
据知情人士透露，刘芳菲确实曾与王益恋爱，两年前还曾被拍到一同出游的照片。曾经也是央视主持人的北大教授阿忆在微博中称："这下芳菲妹妹可惨了，给供出来了。不过，王副行长和芳菲妹妹是真感情，不是瞎闹。王副行长，是北大历史系师兄，酷爱音乐，经常花公款飞出境，去听交响乐……"
王益其人
检方指控称，王益受贿金额为1190万元。其第一笔受贿金额来自香港商人李涛。李涛和王益早就认识，他在湖南承接一个高速公路项目时，通过王益获得银行贷款，并向王益行贿538万元。目前，李涛已被捕。
王益受贿的第二笔金额，系通过其弟弟王磊，为云南一个叫周某的商人办理贷款，并分12次通过王磊或自己直接收受周某贿赂630万元左右。王益受贿的第三笔金额，是帮助河南一个叫王磊（此人非王益弟弟）的人为其他企业办理贷款，此王磊得了300万元的好处费，而王益向此王磊要了30万元。
案发前，王益不但有证监会原副主席、国开行副行长的光环，还被北京大学光华管理学院聘为博士生导师，并协助创办了光华EMBA。
在《光华校友通讯》上，有一篇"我们敬爱的王益老师"，文中称"对于王益老师的身份，我们真的很难表述。金融家？音乐家？历史学人？还是'王益老师'这个光华人对他的称谓更为亲切。对于王益老师的气质，我们真的很难分辨。诗人的率真和激情；历史学人的深邃和内敛；金融家的果断和严谨；我们更愿意把他视作有哲学思辨、历史钩沉和文学冲动的一个可亲可敬的老师和朋友"。
有人称，王益其实欠缺经济学理论功底，但其地位帮助光华EMBA打响了头炮。上世纪90年代末，光华EMBA一万美元的学费一点也不便宜，但金融班40多个学生大都是王益组织进来的，这些人都是冲着王益的官员背景而来。
在陶醉于自己"教授"身份之余，王益前几年突然来了音乐灵感。据王益自己说，2002年他和一群年轻人在青藏高原旅行，祖国山河的雄伟壮丽激活了他的"音乐基因"。他一路游走一路歌唱，等回到北京，他已唱出了《未来我们相爱》、《奥运情怀》、《彩虹下的你》等歌曲。2006年，王益完成《神州颂》的创作，并于12月9日由中国交响乐团在北京首演，之后一发不可收拾。2007年2月，修改后的《神州颂》在北京演出三场，此后《神州颂》第三版到上海、杭州、珠海、深圳、成都等地巡演，半年内演了17场。