补丁出生的那一年，天花正流行得厉害，天花夺走了许多人的生命。补丁也传染上了天花，父母不忍心看着孩子被官家活活地烧死，夜里偷偷地把他遗弃在白雁寺的台阶下。
一了师傅夜里听到孩子的啼哭声，皱了皱眉头，念了声“阿弥陀佛，善哉，善哉！”，就把孩子抱了回去。一了大师用秘方治好了补丁的天花。从此，一了大师除了念经打坐就是抚养这个弃儿。
孩子一天天见大了，还没有名字。一灯大师低头沉思,猛地发现衣襟上的补丁，就灵机一动干脆给这孩子起个补丁这个名字吧。
小补丁聪明，人又勤快，每天晚上给老和尚捶背，看老和尚画画。小补丁看师傅作画很特别。作画前，师父沐浴更衣，焚香诵经，然后铺开宣纸，一蹴而就。但只见，笔走墨飞处，国色牡丹赫然纸上，令小补丁荡气回肠，百看不厌，跟师父索要贴到了自己的床头，每日闲暇之余仔细揣摩，总觉得神韵有加，香气扑鼻。
十年之后，补丁学了一手好画笔，就是画不好牡丹。师父含笑告诉他，这是没有多接触牡丹的原因，补丁画的鸟兽和真的一样，有一回，画的豹子把一头牛给吓跑了。
这年春天，师父拿出一个包裹，说了句：红尘本无根，何来红尘路，此番下山去，寻找有情人。补丁说我不能走，留下师傅一个人多寂寞呀。师父说，你不下山，师父一生的遗憾就更多了，你就算是师父求你办事得了。师父打开包袱，取出半块印章，讲给了补丁一个凄婉的故事。
补丁含泪离开了寺院，一路上餐风露宿，寻找师父说的牡丹园，寻找种花人。补丁回忆师父讲的那个故事，师父没出家之前，爱上了一个牡丹园主的小女儿，但是姑娘的父母不同意他俩的婚事，结果硬逼女儿嫁给了同乡一个绅士的傻儿子，结果姑娘洞房之夜拿起剪子自尽而亡，师父听到噩耗，万念俱灰，遁入空门。
补丁看见山下的新鲜事儿太多了，正值春花烂漫的季节，草长莺飞，满目的绿，还有绽放的桃花映红了补丁的脸庞。
有一堆人群围在那里议论一件事情，说这里有个牡丹园，有位姑娘不仅长得是貌美如花，美若天仙，还会弹一手好古筝。大家说咱们去瞅瞅，抱一饱眼福也枉此生了。众人相拥着一起来到了牡丹园的门外。补丁尾随众人来到此处，园内飘出的花香清香扑鼻，沁人心脾。众人皆醉，唯有补丁心中暗暗惊喜，师父，可找到牡丹园了。
有人过去敲门：小生仰慕直至，特来拜访，请姑娘开门一叙。里面一个小丫头的声音回了出来：可否会画牡丹。来人答曰：不会。里面不客气地说：请回！众人纷纷叹息离去。
补丁一个人静静地站立在那里，不知道该如何是好。门响了一声,开了个小缝儿，露出一个十八九岁的小姑娘的脸，喊了一声：“还有一个没走！”过一会儿，门已经开展了，走出一位姑娘，丹唇皓齿，艳丽非凡。姑娘径直走到补丁的身旁，略施以礼，问：你可会画牡丹？补丁照实回答说：我师父会，我画不好。姑娘说：会画就行，请进吧！
补丁踏入牡丹园，只见满园的牡丹花儿争奇斗妍，花香都把人灌醉了。坐在园内的凉亭内，补丁贪婪地吮吸着花香，眼睛一朵一朵地仔细观察着盛开的牡丹。
姑娘取出墨宝，取出备好的宣纸，请补丁即兴临摹。补丁看着满园的牡丹，泼墨如注，霎时画完数十张作品，脸上略显满意之色。姑娘看过这些牡丹图，摇了摇头，口中轻轻呢喃，不像，不像。补丁听过姑娘的评断,仔细把刚才的画儿拿过来揣摩，每张宣纸上的牡丹都是那么呆板，没有灵性，只是形似神不是。
姑娘轻启丹唇，幽幽地说：公子所画牡丹并非不美，只是这画中缺少“情”字，无情的牡丹则无灵性，因此就没有栩栩如生的感觉了。如公子不嫌弃，请您小住些个时日，慢慢观察，然后再画，必有大成。
补丁白日里徜徉于花丛中，夜晚端坐在花香中，品位牡丹的美，牡丹的高贵，体会牡丹流露出的非凡气质。姑娘一曲《高山流水》的乐曲把补丁彻底地迷倒了，他这时发现姑娘乐曲中如泣如诉，透露出知音难觅，知己难求得无奈，热切地盼望有谁与牡丹携手共享春风呢？
转眼花季已过，满园的牡丹不忍让人看下去，残花败叶，凋零枯萎的花瓣掉落在尘土间，化作泥土。姑娘的弦乐中，明显多了一些伤感和无奈，并伴随着不断的咳嗽声传出。补丁急忙跑到姑娘的身边，看见姑娘两眼红肿，知道姑娘的涝病又犯了。姑娘曾经告诉他说，每当牡丹花期来临，她的病情就减轻许多，花期一过，病情就加重。
秋日的黄昏，当秋风吹过姑娘瘦弱的身躯，补丁发现姑娘越发的瘦了，越来越弱不禁风了。他多想让姑娘靠在他的肩膀上，他给她温暖，给她力量。他拿出画板，霎时一幅《人比黄花瘦》的国画栩栩如生地展露出来。画中的姑娘衣袖飞舞，仿佛仙女下凡，意境幽远，情意款款流出，令人望而却步，驻足赏析。
姑娘满意地看着补丁，秋波流转，补丁望着姑娘，心生爱慕，两人手迁着手，并肩看着水池中的鸳鸯成双成对地嬉戏，突然，姑娘软软地跌落在补丁的怀里。
夜里，姑娘咳嗽得厉害，补丁守在她的身旁。姑娘用丝绢捂住嘴巴，一口鲜血喷涌出来，丝帕上立刻染出了一朵美丽的牡丹花，好美的牡丹，这是补丁一生中头一次看见鲜血染成的牡丹花，何等地慑人心魄，何等地娇艳！姑娘惨白的脸上露出抱歉的微笑，我让你担心了，补丁激动地抱紧了姑娘说：我永远都不离开你。姑娘昏昏沉沉地睡着了。
腊月十五的晚上，白雪覆盖了一切，姑娘的脸比白雪还要惨白。春天什么时候才能来临呢？姑娘说：补丁，你就是我的春天。补丁说：你就是我心中的牡丹。
小丫头很懂事，含着泪把火盆里添了许多的木炭。然后，布置好了洞房花烛，准备好了补丁和小姐的婚礼。补丁和姑娘拜天地，入了洞房。
姑娘在红色的烛光中，两颊之上早生了许多红霞，目光中荡漾着火一样的东西，她心里清楚，这是回光返照，她必须与心爱的人一起走过人生最后的美丽。姑娘轻柔的把衣服一件一件地脱了下来，最后，露出红肚兜，犹豫了一下，又脱去了。如玉的身体裸露在补丁的身前，姑娘说：画吧，快点画，我只能支撑一会儿。补丁忘记了那天晚上是如何把师父教过的《牡丹仙子图》原封不动地画出来的，总之，两个人融化在一起的时候，白色的床单上留下了一朵美丽的牡丹花。
三天之后，姑娘去世了，补丁不能哭，这是姑娘临终前交代的，她不愿意见到补丁伤心和难过,那样,她在九泉之下不会瞑目的。
春暖花开的时候，补丁给院子里的牡丹花浇水施肥，不经意挖出一个罐子。打开泥封，里面有半块印章和一封信。信是写给自己的，信中说：有缘千里来相会，牡丹花下情相连。我姨妈为了半块印章牺牲了自己的生命，我为了我的生命在临死前更有意义，我决定把一切交给你，我的身子和我的骨灰，记住要把我的骨灰装到罐子里，到哪儿我都跟随你。印章和你师父的合在一起，就是一个完整的“牡丹仙子”四个字，那就是你师父的称号，也是我对你的称号，我属于你，你是牡丹的骄傲。你要娶小丫头为妻，答应我，让她代替我成为你心中的小牡丹，好吗？别忘了每年的腊月为我画一幅《牡丹仙子图》，妻子小丹。
补丁回到了寺院的时候，师父早已经圆寂了。补丁在师傅坟前沐浴更衣，焚香诵经，然后铺开宣纸，一蹴而就。但只见，笔走墨飞处，国色牡丹赫然纸上，其间凌波转动，香气四溢，引得蜜蜂蝴蝶飞舞不停，下落款乃是中间有道缝的印章：牡丹仙子。