明朝末年，重庆长寿菩提山地区有一位名唤张奇的蛇医，此人不但医术高明，古道热肠，更为奇异的是：他家祖上传下来一本毛边线装的《驱蛇咒》。该古籍用梵文书写，经草药水泡制，旧得发黄。
每到月黑风高之夜，张奇便会用特殊配方的药水擦浴全身，换上一袭黑袍，戴上蛇皮面罩，腰系酒葫芦，手执长笛，来到后山，盘腿坐在一块大石上，面朝西方，摊开《驱蛇咒》，口中念念有词。
半炷香工夫，山间林中的大小蛇类听从魔咒的召唤，争先恐后赶来，将张奇团团围住，其情形如同召开蛇族大会。这时，张奇会合上《驱蛇咒》，双手横拿长笛，缓缓吹奏苍凉凄惶的古曲，其声如诉如泣，催人断肠。
一时间，群蛇狂舞，如痴如醉。舞罢，张奇从怀中掏出一个鹿皮囊，取出一把尖细锋利的小刀，挑选三条最为粗大肥嫩的蛇儿，剥去蛇皮，取出鲜美白细的蛇肉，掏出暗绿色的蛇胆，和着自酿的山酒吞服两粒，余下一粒带回家，令年满五岁的儿子张宗吞服。新鲜的蛇血拿来涂抹酒葫芦，置于阴凉处风干，蛇肉则交给妻子打理，或清炖，或红烧，全凭个人喜好。而后，这个幸福美满的三口之家便美美地享用蛇肉大餐。
有人问张奇：“既然你会驱蛇术，为何不多抓些蛇，卖给山下的饭庄酒肆，换取白花花的银子？”张奇正色道：“我家先祖曾在菩提山脚下为一位丐帮长老疗治蛇毒伤，那长老身无长物，为答谢救命之恩，便破例将其帮内秘不外传的驱蛇术传授给我家先祖。先祖遗命，杀蛇只能饥时果腹，切不可贪得无厌，否则必遭天谴！”
张奇的独生子张宗自幼受其父言传身教，长大后学得一身妙手回春的蛇医本事，并且聪慧绝伦，是远近闻名的小才子。
张宗与菩提山脚下一位胡姓铁匠的女儿胡彩蝶两情相悦。等他金榜题名，做了朝廷命官以后，便将胡彩蝶一家人以及自己的父母亲接到任职所在地，迎娶了胡彩蝶。
从童年时代开始，张宗便被同一个无比诡异的梦境纠缠，在梦中，他赤身裸体地和一黑一白两条巨蛇嬉戏、打闹，时而钻进黑蛇的腹中，轻轻拍打一块巨大的黑色石碑，那石碑上面刻满了梵文；时而钻进白蛇的腹中，玩抚一个巨大的玉珠，那玉珠光芒耀眼，散发着馥郁的芬芳，映得他熠熠生辉……
无数次，张宗从同一个梦境中醒来，只觉血脉畅通，浑身舒坦，同时大惑不解。他把这个梦告诉彩蝶，彩蝶笑道：“你啊，跟你爹一样，和蛇打一辈子交道，都快成蛇仙了！”
张宗先后被朝廷任命为知县、知州，为官期间，他爱民如子，嫉恶如仇，两袖清风，深得老百姓的爱戴拥护。然而，张宗由于不谙官场的潜规则，屡受同僚排挤打压。
45岁那年，厌倦了官场的张宗辞官回乡，在菩提山上过起了与世无争的逍遥日子。夫人彩蝶自幼信佛，在她的影响下，张宗也渐渐对佛学禅理产生了浓厚兴趣，经常陪着夫人前往菩提寺烧香拜佛。
可惜好景不长，在张宗辞官回乡后的第五年，彩蝶便因病离去。张宗悲痛欲绝。安葬了夫人之后，张宗不顾家人的竭力反对，在菩提寺削发为僧，法名素净，从此一心向佛。若干年后，菩提寺中德高望重的德昭大师圆寂，归天前，他遗命素净接替自己的方丈之位，并一再嘱托他重修日益破旧的菩提寺。
做了方丈之后的素净牢记德昭大师的遗命，四处募集善款，三年以后，菩提寺重建工程顺利展开。
当重建工程进行到三分之二的时候，善款耗尽，工程被迫中断。
一筹莫展的素净在深思熟虑之后，带着几名小沙弥，一路风餐露宿，长途跋涉，前往自己曾经就任的山东某地募集善款，得到当地百姓的大力支持。
返回菩提寺途中，素净一行人来到一个小树林里歇息。突然，一名小沙弥浑身哆嗦地指着对面的小山坡，道：“蛇！好大的蛇……”
大家顺着他指的方向，果然看见一黑一白两条巨蛇正纠缠在一起搏杀，蛇身足有水桶粗，那黑蛇墨黑发亮，如同一条乌龙；那白蛇雪白晶莹，仿佛一条玉带，两蛇拼尽全力，斗得血肉模糊，难分难解。
小沙弥们看得噤若寒蝉，大气都不敢出。唯有素净镇定自若，他仔细端详着着两条巨蛇，它们不就是曾经无数次出现在自己梦境里的那两条巨蛇吗？
大约一炷香工夫，一场恶战终于结束，两条巨蛇都遍体鳞伤，奄奄一息。素净走上前，双手合十，用自幼就掌握的蛇语对白蛇道：“本是同根生，相煎何太急？”
白蛇缓缓抬起头，“呜哇”一声，吐出一个巨大的圆形玉珠，那玉珠光芒耀眼，直照得素净一阵眩晕，旁边的黑蛇吐出一块巨大的黑色石碑，石碑上面刻满了梵文。
白蛇艰难地说：“我和它都是在此地修行了八百年的灵蛇……它腹中的石碑上刻的是我们灵蛇得道成仙的天书……天书上说修炼三千年便可成仙，但是……如果得到我腹中的这颗灵珠，只需修行千年便大功告成......”
素净念了声阿弥陀佛，长叹道：“两位道友此番性命相搏，原来都是为了对方腹中的灵物！”
黑蛇气若游丝道：“如今我们气数已尽，只怕是熬不过一个时辰……大师与我们也算是有缘，我俩归天后，还请大师为我们保管两件灵物……”素净点头答应下来。
白蛇道：“我俩虽说是功力不够，却也绝非普通凡身肉体……还请大师将我俩的蛇皮泡制药酒，蛇肉制成药丸……以蛇皮酒吞服药丸，专治眼疾，蛇骨可制成两座灵塔，供奉于你寺内，可保一方平安！”不久，两巨蛇相继死去。
素净遵照它们的遗愿，把蛇皮剥下来泡酒，把蛇肉烘烤制成两大箱药丸。至于巨大而沉重的蛇骨和石碑，则由在当地雇佣的力夫，日夜兼程运回长寿菩提山。
回寺后的第二天，菩提寺重建工程再度展开，素净在寺内设置了一间药房，专为善男信女治疗各种眼疾，百试不爽。他把刻有梵文天书的石碑供奉于大雄宝殿内，蛇骨则精心挑选能工巧匠制成两座一人多高的灵塔，供奉于石碑两侧。
一位慕名前来的老驼背在石碑和灵塔前磕了八个响头，上了三炷香，起身的时候，他惊讶地发现自己背上天生的大驼包竟然不翼而飞！顿时，他喜极而泣。
后来，素净请匠人在菩提山峰顶立一根大铁柱，将光芒璀璨的灵珠放置其上，每到夜晚，灵珠光华四射，照耀数里！菩提寺也一直佛光普照，香火鼎盛！