可是，他没有回到盛京，海兰珠已命归西天，皇太极听说之后悲痛不已。“一日忽迷惘，自午至酉始瘥”。大臣们都劝他节哀，但效果不大，仍然茶食不进。祖可法、张存仁、马国柱、雷兴等大臣见此情景，纷纷劝他说：“伏念皇上以万乘之尊，中外仰赖，臣庶归依。今者皇上过于悲痛，大小臣工，不能自安。以臣等愚见，皇上蒙天眷佑，底定天下，抚育兆民；皇上一身，关系重大，况今天威所临，大功屡捷。松山锦州，克取在指顾问。此正我国兴隆，明国败坏之时也。皇上宜仰体天意，自保圣躬，勿为情牵，珍重自爱。”
皇后、宫妃及大臣们都为他祈祷。
一天中午，皇太极突然昏迷了过去，嘴里胡话不止，而所有的胡话几乎都是在呼唤着海兰珠。嫔妃和大臣们非常害怕，赶忙在神像前摆设祭物，进行祈祷。过了好大一会儿，皇太极才苏醒过来。大臣们把他昏迷说胡话的情况讲了一遍。皇太极开始受到震动。他懊悔地对大臣们说：“自知过于悲悼，乃大悔日：‘天之生朕，原为抚世安民，今乃过于悲悼，不能自持。天地祖宗，知朕太过，以此示警。朕从今当善自派遣也。”
皇太极还说：“太祖（指努尔哈赤）病逝时，我也没有这样悲痛过。我怎么能就为一个妇人而活着呢”。
后来，皇太极出猎路过宸妃墓地时，还是不能自制，放声大哭，可见皇太极对宸妃的感情之深。
为表示对爱妃的悼念，皇太极为宸妃举行了隆重的丧礼，赐谥号为敏惠恭和元妃，这是清代妃子谥号中字数最多的。但宸妃埋葬后，由于怀念宸妃，皇太极仍然不时地悲伤。大臣们看他那个样子，就劝他说：“皇上每天居住深宫，忧伤的心情没有全部消除，不如出外打猎，换一换心境。”皇太极听从了大家的劝告，遂和众大臣外出狩猎。当走到蒲河岸边，看到宸妃的坟墓时，他又开始痛哭起来。此后皇太极再也没有重返战场，结束了他四十几年戎马征程。他每次出猎，必经过宸妃墓地，总是下马伫立，长时间地凭吊默哀，以茶酒奠祭，痛哭不止。
皇太极的雄才大略可谓当世英主，一个以武功见着、驰骋疆场的皇帝，竟有如此真挚的儿女之情，实在令人耳目一新，这也说明了皇帝是人，不是神。他亲临战场作战，流血牺牲都不离开战场。却为了宸妃在最不能离开战场的时侯离开了。从此永远离开了战场。当初在战场上的指挥若定，运筹帷幄，此时随着海兰珠的去世而消失殆尽。
但，这世上最令人感动的就是这种铁汉的柔情。
宸妃后来居上，在宫中的地位远远超过比她年轻五岁、早嫁九年的亲妹妹庄妃，仅次于姑母皇后哲哲。
对宸妃的魂牵梦索，使皇太极难以自拔。自宸妃死后，皇太极频繁地举行各种祭典活动，并请僧道人等为宸妃布道诵经，超度亡魂。皇太极亲撰的祭文，情真意切，催人泪下。
松锦大战捷报频奏，关外四座重镇全部归属清朝，关外障碍既除，那么挥师人关，逐鹿中原亦指日可待。然而，战争胜利的喜悦，似不能冲刷掉皇太极的悲伤。对宸妃的思念与难解的忧伤，严重损害了皇太极的健康，以致他的身体日渐衰弱，甚至连日常朝政也“难以躬亲办理”。在宸妃去世两年之后，皇太极也病入膏盲，死在清宁宫，灵魂追寻宸妃而去了，享年52岁。
历史记载皇太极是“无疾而崩”，年仅52岁怎么算是无疾而终呢？史学界对他的死至今尚无定论，但有一点可以肯定，宸妃海兰珠的早逝，是一个重要原因。