面对胡惟庸的询问，刘琏告诉胡惟庸，父亲已把兵书烧了，给皇上留下的是一本《郁离子》和一封信。胡惟庸了解刘琏兄弟，知道两人都是至诚君子，不会也不敢欺骗朝廷。在安葬了刘伯温后，胡惟庸就带着没有烧完的残存书稿和军师给皇上的书本信件，马上返回了京城。回京后，胡惟庸把书本信件交给了朱元璋，朱元璋一见是《郁离子》就扔在一边。回到寝宫，朱元璋坐卧不安。他很了解刘伯温，视兵书比生命还要宝贵，他怎么会舍得烧掉？
朱元璋猜测《百战奇谋》定在刘氏兄弟手上，又或埋在刘氏家宅地下？于是，朱元璋再派胡惟庸仔细查问其家人子孙，又假称刘伯温功大，下令将其府邸建成墓园“诚意伯府”以风光大葬，实际上欲对刘家府邸来个翻天覆地的大搜查。
刘伯温“三七”那天，胡惟庸再次来到刘家，说是奉皇上之命要取走军师生前留下的所有书信和书籍，因为那些书信和书籍中有机密。胡丞相像抄家似的把刘伯温所有的书信、书籍都拿走了，可仍然没有发现兵书《百战奇谋》。
刘伯温“五七”那天，胡惟庸三到青田县向刘琏兄弟传达皇上的命令：因为军师有功于朝廷，所以皇上决定在刘家老屋的原址上建造“诚意伯府”。这样，就得推倒刘家老屋，要刘琏兄弟搬到刘伯温墓旁的临时小屋里守孝，刘琏兄弟赶忙磕头谢恩。刘家老屋拆得很仔细，板缝、梁孔、墙洞都认真地搜查过。纵然这样，也没发现哪里藏有兵书。
累累作事尽皆徒劳，无论如何也找不到《百战奇谋》兵书，朱元璋甚至怀疑，也许刘伯温将兵书早已传给蓝玉、徐达、周德兴、冯胜等将军，于是又萌生诛杀这班功臣武将的念头。
洪武三十一年，71岁的朱元璋在一场大病中死去。临终前，他拉着皇太孙朱允的手说：“记住，一定要把军师的兵书找到，不能让它落到外姓人手里。”
朱元璋归天后，从明惠帝朱允到明成祖朱棣，一直到崇祯皇帝朱由检，都没有发现《百战奇谋》。那么，这部《百战奇谋》是否真的像刘伯温说的那样，已随烈火化为灰烬？非也非也！朱元璋猜得很对，刘伯温视兵书如命，烧书之事刘是决计不会做的。可朱元璋没想到，刘伯温其实早已经将兵书献给了他。
崇祯十七年，李自成的农民起义军打进北京，从皇宫搜出的书籍中，发现了一本刘伯温手写的《郁离子》。李自成读过这本书的刻本，见了手写本顿时爱不释手，就拿起来翻了翻。也许是年代久远了，或者是经过几代皇帝读过，翻页时，有的书页折叠处自然断裂，发现里边也写了字，不觉好奇地看了几行，看后大吃一惊！跟着又撕开几页细读。啊！是刘伯温写的兵书《百战奇谋》！当李自成看到书中的《料敌》、《布阵》、《用计》之精彩，更有奇门遁甲、易卜星相之神机妙算，纵是贼王也感动得流下热泪！刘伯温忠心耿耿，更是用心良苦，若然历代继承大统的朱氏子孙，只须稍为用功翻书，就会发现这个秘密。可惜他们大都庸懒腐败，最终得到这本绝学的，却是推翻朱明的闯王李自成。
不久之后，李自成受到清军与吴三桂的夹击，全军大败。最终，李自成在九宫山遇难(有一说是隐遁），《百战奇谋》从此便流落民间，不知所踪。