很久很久以前，有两位仙子在南海一座仙岛上修炼，一位是孔雀神女，一位是凤凰神女。
有一天，凤凰神女往天上赴会，孔雀神女感到寂寞，便化成一只海鸥，到处游玩。 她飞到一个海滨渔村，看见海滩上摆满各种供品，男女老少烧香叩头，还有人哭。一会儿，人们抬起供品，抛向海里然后各自回家。
孔雀神女觉得奇怪，想弄个明白，就变成一位渔女，自称叫孔雀，前天随双亲出海经捕鱼，不幸遇上大风浪，般沉人散，漂流到这里，无依无靠。一位好心的渔姑十分同情她，便邀孔雀到她家中暂住。
路上，孔雀问及刚才海滩之事，那渔姑名叫莲花，她告诉孔雀：”最近几个月，海里多次出现一个妖怪，斗大脑袋，青面獠牙，随意兴风作浪。弄得无数渔家船沉人亡。我哥哥就在三个有前葬身鱼腹。乡亲们每逢初一、十五，摆上供品焚香，祈求渔家出海平安。”边说边流下眼泪，孔雀听后悲愤万分，暗下决心，不除妖怪誓不回仙山！
孔雀寄居莲花家中，她不单貌似天仙，心灵手巧，纺纱织网、划船、捕鱼，也样样出众；尤其是她来了之后，渔民们出海次次平安，满载而归。因此，莲花一家和村中父老、兄弟姐妹都喜爱她。
一天清早，孔雀和莲花出海捕鱼，风平浪静，孔雀暗念真言驱赶鱼群，一时鳞光闪闪，鱼虾涌跃，渔民一见齐欢呼，纷纷撒网捕捞。
突然间，天色骤变，乌云遮日，狂风大作，恶浪滔天。孔雀心知有异，纵身跃上去端，吹口仙气，把所有渔船送回海滩，随后拔出金簪宝剑，准备应战。
这里，从海里钻出一个手执长叉的狰狞怪物，气势汹汹向孔雀杀来。孔雀用剑档开长叉，抛出七彩仙绫带，刹那间化成一条火龙，把它缠住，孔雀挥手飞出宝剑，砍中它的后背，那怪物在海面翻滚一阵，便一命呜呼。孔雀神女取出乾坤照妖镜一照，原来是个鲊精，叱声“变”！刹时变成一座小山。这就是孔雀岛南侧六里许的鲊山。
孔雀返回渔村，渔民们才知道她是仙女，纷纷跪在地上向她叩头，请示她永远居留下来。
孔雀神女为了答谢乡亲们的深情，依然住在莲花家，乡亲们更加敬重她。有一天，孔雀和一起到井边汲水洗衣。忽然空中雷鸣电闪，云雾中出现一员天将，手持三尖戟，杀气腾腾地高喊：“我乃天宫护法将军，今奉玉旨特来捉拿罪神孔雀”。原来龙王闻报后，到天庭告了一状，说孔雀神女私奔人间，杀戮龙宫兵将。玉皇闻奏大怒，传旨护法将军，带领天兵前来问罪。
孔雀见是天兵，便申辩道：“我杀鲊精是为了救护沿海百姓，替天行道，这有何罪”？护法将军不容分说，抛出捆仙绳，叱令从天兵拿住孔雀。孔雀问心无愧，祭法宝抵抗，天将激怒，取出正法行刑刀，对准她的颈部和两腿各砍一刀，霎时血浆喷天，染红云霞，一会儿漫天大降血雨，护法将军大吃一惊，慌忙率领天兵回天庭去了。
凤凰神女从瑶池宴罢回山，见洞门紧闭，不见孔雀，又见满天血雨，屈指一算，泪如泉涌。她知孔雀冤死，又无可奈何，只得连忙来到南海滨，用仙拂在孔雀遗体上拂了三下，孔雀立刻化成一座岛屿，这就是孔雀岛。此后过往船只如果遇上风暴，便可靠近孔雀岛避难。后来渔民曾在岛上建一座神女庙，四时供拜，以示不忘。