自问世以来，集各项尖端技术于一身的F-22意外不断。以它现在“跌跌撞撞”的状态，再加上单机3.5亿美元的黄金身价，任何想把它送上前线的指挥官都得三思。
2010年11月16日，美国空军驻阿拉斯加州埃尔门多夫基地一架F-22“猛禽”战机在夜间训练时突然坠毁，飞行员杰弗里·哈尼上尉遇难。美军官方事后宣称，舱内制氧系统意外关闭导致飞行员窒息，令飞机失控。一年多过去了，困扰“猛禽”的缺氧问题不仅没能得到解决，反而让更多飞行员命悬一线，这也成为反对者质疑F-22项目的一大证据。
据美国《军事时报》透露，F-22因坠毁事故一度被停飞5个月之久，禁飞令解除后，空军要求飞行高度不得超过7600米，飞行员呼吸困难的险情仍时有出现。哈尼遇难后，美国空军成立事故调查委员会展开调查，并于2012年初发布报告称，事故的主要原因是飞行员本人反应不够快，没有及时激活备用制氧系统，在意识不清中无法将急速俯冲的战机拉回平飞状态。该报告也承认F-22的排气系统发生，故障，造成制氧系统意外关闭。
官方的调查结论并未平息争议。有人怀疑，F-22的机舱缺氧问题是老毛病，调查委员会却把责任推给死者。
事实上，工程人员检查了8架轰炸机与包括F-22在内的战斗机的氧气系统，至今没有找到确切问题之所在，与事故无直接关联的疑点倒是为数不少。
近两年来，F-22的飞行员无数次向上级投诉机舱缺氧问题，这一顽症已成为掩盖不了的事实。机舱缺氧会造成飞行员大脑供血不足，让他们头晕眼花、意识混乱、注意力分散，无法正常执行任务。很多飞行员抱怨，机舱缺氧险些置他们于死地，换来的只是含糊其辞的调查结论，因为官方始终宣称，危险可以通过人工干预避免。
美国广播公司消息称，F-22最近一次短暂停飞是在2月28日，起因又是埃尔门多夫基地的3名飞行员报告说，最近两周试飞时都碰上过类似缺氧的症状。基地指挥官下令暂停训练，并进行全方位检查，确认“无大碍”后，2月29日停飞令就解除了。
另据美国《军事》网站报道，在过去16个月里，空军组建了由工程师组成的特殊部门，试图从技术上弄清驾驶员在空中遭遇缺氧症状的根本原因。F-22主承包商洛克希德·马丁公司，新近与军方签订了2400万美元的合同，主要内容就是改进机载氧气系统。
机舱缺氧绝不是F-22碰到的唯_麻烦。自问世以来，集各项尖端技术于一身的F-22意外不断。1992年，在爱德华兹空军基地，一架F-22原型机坠毁，飞行员及时逃生，但严重拖延了该机的研发进度。2007年，由12架F-22组成的编队打算从夏威夷飞赴日本冲绳，不料在跨越国际日期变更线时，机载计算机突然崩溃，被迫原路返回。
另外，F-22的数据交换能力也经常遭受批评，在同友军进行联合演习时，测试人员发现F-22只能同编队中的同型号战机通讯，无法与友军取得实时联系。
有分析认为，围绕是否扩大生产F-22的矛盾，是导致时任空军部长迈克尔·韦恩和总参谋长迈克尔·莫斯利于2007年双双去职的重要原因，虽然他们从表面上看来是因一起核武器失控事件而丢官，但两人都希望增加F-22产量，与国防部的计划背道而驰。