张琴秋实事求是地谈了小河口给张国焘提意见一事的经过，在《我的声明书》中说：“我曾经同李特同志谈国，我们总觉得这样将部队开跑，领导上总是不正确的。”张国焘见她态度强硬，拒不认错，于1933年春撤了张琴秋红四方面军总政治部主任的职务，派她到红江县（今通江的涪阳坝）担任县委书记。她也是川陕苏区的第一位女县委书记。当时，有不少人都为张琴秋的撤职而不平。但她却刚正不阿，对于张国焘的打击，从不屈服。她胸怀宽广，一切以大局为重，她认为只要是党的工作，干啥都行。她接到通知后，二话没说，打起背包就走上了新的岗位。
1933年夏，张琴秋从红江县委调任红四方面军总医院政治部主任。当部队离开通江、巴中、南江一带北上时，张琴秋带领五百名女战士，担任护送三百名红军伤员的任务。在苦草坝附近时，她们遭到了军阀田颂尧一个团的袭击。在敌众我寡的情况下，她指挥战士们沉着应战，打得敌军晕头转向，敌人还误认为是遇上了红军主力。张琴秋抓紧时机，向敌人展开强有力的政治攻势，组织大家向川军的士兵喊话。川军士兵们纷纷调转枪口，产生哗变，将川军营以上军官们捆了起来，投降了红军。捷报很快传遍了红四方面军和根据地。从此，“五百农妇缴一团白军的枪”，及“女将军张琴秋指挥如神”的故事在根据地广为传颂。
1934年3月，在反敌人“六路围攻”胜利不久，张琴秋被正式调到红四方面军中著名的妇女独立团担任团长兼政委。这支“娘子军”从团长、政委一直到普通士兵，都是清一色的女子。她们都亲切地称张琴秋为“琴秋姐”。在红军三个方面军中，以四方面军中的女战士最多。妇女独立团全团上下的平均年龄不过20岁，连以上干部，都是“老革命”，到了该结婚的年龄，四方面军的高级指挥员于是成了她们青睐的对象。总指挥徐向前在妻子程训宣被张国焘在“肃反”中杀害了，此后便是孑然一身，而单身的高级领导人当时是很少的。有的女干部借汇报工作的机会，都喜欢在徐向前面前多呆一会。但他总是一副严肃的面孔，只谈工作，不讲闲话，女干部们吃了闭门羹，只好悻悻离去，对徐向前敬而远之。妇女团中唯有一人敢和徐向前说笑几句，她就是川北人称为“张大脚”的张琴秋。
徐向前说张琴秋是一位“文武都行，不怕天，不怕地的女杰”。妇女团直属方面军总部指挥，张琴秋任团长兼政委期间，常常向总指挥徐向前汇报妇女独立团的工作、生活情况。有一次她汇报说：“有些干部爱往妇女团转，想是找老婆哩。”徐向前问她该怎么办？张琴秋无奈地说：“我没办法，婚姻自由嘛！”徐向前一听就急了：“没办法？你那团是战斗队，不是老婆预备队。妇女团应作个规定，不准谈情说爱，不准男同志去团里乱串，不准结婚，不准……”徐向前接连说出几个“不准”。但张琴秋却不怕这位女干部敬而远之的总指挥，与他辩论起来，说革命包括妇女彻底解放，女人最大的追求是婚姻自由，不准结婚可以说，不准谈情说爱不妥。徐向前说军人与老百姓、与地方工作的妇女不同，硬是没那么多的自由。从严治军，才有战斗力。张琴秋提出说士兵不准结婚，干部结婚可加年龄限制，大龄的可以，年小的不可以。徐向前没有听取张琴秋的意见，最后一锤定音：“妇女团内一律都不准结婚，凡要求结婚的，调出妇女团。”
西路军失败后张琴秋被俘，后经党中央营救出狱回到延安
1936年7月，在红四方面军第三次过草地之前，张琴秋与红四方面军总政委陈昌浩结婚。1936年10月，红四方面军一部两万余人组成西路军，进入甘肃河西走廊。已怀孕的张琴秋作为西路军组织部长，担负着繁重的干部调配工作。不久，担任西路军军政委员会主席的陈昌浩要西路军政治部主任李卓然把张琴秋送到西路军总医院去，以使她安全分娩。
“野史正说”（yeshizhengshuo2015）