三世慢慢长大,心怀雄心不愿再作傀儡。于是,哈特谢普苏特赶在三世成年正式亲政之前,将他流放到偏远地方。至此,哈特谢普苏特成为法老已万事俱备,只欠如何打破女性无法当朝的传统了。于是,她联合僧侣编造身世,称自己是太阳神阿蒙之女:太阳神为了让自己的后代统治埃及,化身图特摩斯一世与王后产下一女,如今,这位女子已历经磨难,可以成为统治埃及的法老了。
她还在神庙的石碑顶部放置许多金盘,反射太阳光芒,以向世人证明她与太阳神的亲密关系。接着,她开始女扮男装,下令所有人用男性代名词称呼她。哈特谢普苏特如愿地成为埃及首位、也是唯一一位女法老。当上法老后,她精心治国,使古埃及继续保持兴盛。为了奖赏神庙中的僧侣,她复修了许多古建筑、祠庙,并赠送给神庙4座高达30余米的石雕方尖碑,为太阳神吟诗作赋。
变故发生在她统治的第22年。图特摩斯三世突然重返王位,哈特谢普苏特从此不知去向,同时失踪的还有她的情人和女儿。绝大多数有关她的记录都在当时被刻意销毁了,至今,埃及史学家都无法解释哈特谢普苏特如何失去了权力,也说不清她的死因。