当年,战争爆发后,深入俄国境内的德军很快就把莫斯科纳入了轰炸机的打击范围内,莫斯科地铁的军事用途开始展现了出来。在1941年底德军对莫斯科空袭最激烈的时刻,莫斯科地铁成为了市民的绝佳避难所。
莫斯科地铁为了战备而建,大部分线路都建在离地面50米以下,很多人都直接把莫斯科地铁系统称为——地下城。面对冷战期间的核威胁,莫斯科地铁的深度继续加深,新的部分线路甚至已经达到了地下100米的深度。
苏联当时的领导层和军队最高统帅部也把办公地点搬到了地铁里。地铁内部有一些秘密的核心区域,就是作为战时高层的指挥所建造的,深度更深,而且有专线直接通往城郊的机场。