海上自卫队参谋部驻东京都,分为横须贺、吴、佐世保、舞鹤、大凑5个警备区。在横须贺警备区的横须贺基地部署有自卫舰队、防卫舰队、潜艇舰队的司令部、第1护卫队群、第2潜艇队群、扫雷队群、开发指导队群、情报业务队群、海洋业务队群及横须贺地方队。 航空集团司令部驻绫濑市。教育航空集团司令部驻千叶县东葛饰郡沼南町。在吴警备区的吴基地驻有第4护卫队群、第1潜艇队群、练习舰队司令部及吴地方队。在佐世保警备区的佐世保基地驻有第2护卫队群和佐世保地方队。在舞鹤警备区的舞鹤基地驻有第3护卫队群和舞鹤地方队。在大凑警备区的大凑基地驻有大凑地方队。补给本部和中央通信队群驻东京都。