美国总统之下是美国国防部部长。他们之下有美军参谋长联席会议主席为美国总统和美国国防部部长提供咨询。1986年Goldwater-Nichols法案之后,美军的实际指挥权由总统和国防部长下放到美军各联合司令部司令官手中。
在文人组织方面,美国海岸防卫队平时隶属于美国国土安全部,战时才改隶国防部。虽然海军和海军陆战队为两个独立的军事单位,但是它们都隶属于国防部下的海军部(U.S. Department of Navy),海军陆战队的年度预算也编在海军里。空军和陆军分别隶属于国防部下的空军部(U.S. Department of Air Force)和陆军部(U.S. Department of Army)。