首先,在当时的情况下,南美大陆还不存在一个可以与玛雅对抗的强大民族,因此,外族侵犯之说就站不住脚。气象专家几经努力,仍然拿不出公元8世纪至9世纪间,南美大陆有过灾难性气候骤变的证据,同样,玛雅人那些雄伟的石构建筑,有些已倒塌,但仍有不少历经千年风雨却依然保存完整,因此地震灾难之说可以排除。至于瘟疫流行问题,看来很有可能。然而,在玛雅人盘踞的上万平方公里的版图内,要大规模地流行一场瘟疫,这种可能性是很小的。再说玛雅人的整体迁移,先后共历时百年之久,一场突发性的大瘟疫,绝无可能耗时如此长久。
对于玛雅人的消亡之谜,美国的艾力克和哥雷克两兄弟提出了另一个惊人的说法玛雅人是外星人,因为在一个星球遇到致命的灾难,而逃离到地球。