不久，杨淑英与詹彩凤二上北京，在夏同善的介绍下，他们叩遍浙籍在京官员30余人，并向刑部呈上冤状。夏同善找到军机大臣翁同餘，把本案内情面陈两太后。清廷下谕，派礼部侍郎胡瑞澜（时兼任浙江学政）为钦差，在杭州复审。
浙江巡抚杨昌睿调宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼随同审理。这次审讯让杨乃武与小白菜看到希望，他们立刻翻供。不料又被施以重刑，杨乃武的两腿被夹折、小白菜的十指被拶脱。他们忍耐不住，终再度诬服。
胡瑞澜将案情报刑部，刑部进行了一番研究后，发现情节有很多不合理之处，于是奏请朝廷。又令胡瑞澜重审，谕明不得用刑。这此，杨乃武拼死翻供。但证人钱宝生已病故，所以无法定谳。
后来，浙江士绅吴以同、汪树屏等三十余人联合上告，请求将人犯解京审讯，以释群疑。夏同善等京官多次在慈禧太后前为此案说话。朝廷下旨，责令杨昌睿将此案所有卷宗、人犯、证人、连同葛品连尸棺押运到京。刘锡彤也解任同行。
光绪二年（1876年）十二月初九日，以刑部尚书皂保为首的刑部官员，偕同五城兵马指挥等地方官，在朝阳门外神会路海会寺前，对千里迢迢从余杭押运抵京的葛品连尸棺，进行当众开验。前来围观者人山人海，包括两个要犯、全部证人、余杭知县刘锡彤、原仵作沈祥、门丁沈彩泉等都排在前排。
打开棺材，尸体皮肉巳经腐化殆尽，只剩骨殖。刑部选调的老练仵作荀义、连顺，由上至下仔细详验，发现死者卤门骨并无红晕浮出，胸部龟子骨、牙齿、牙龈、手指、足趾骨尖及周身大小骨殖均呈黄白色，并无砒霜中毒骨殖应呈青黑色的迹象，尸骨经过蒸煮也没见异常，与《洗冤录》所载正常病死符合。
最后得出权威结论：葛品连确系因病而亡，并非中砒毒而死。刑部官员又当众询问刘锡彤、仵作沈祥当时勘验情况。两人均承认当时勘验存在不符合规定的勘验程序，辨验未真，误将口鼻出血、身上青黑起泡认作服砒毒致死。至此，案情已经基本清晰。
刑部尚书皂保又令案犯证人环跪一圈，当面对质。在众目睽睽之下，没有人敢再胡编乱造。全案的来龙去脉，始末经过，至此全部水落石出。进入下页