但随后专家们又发现了个奇怪现象：湖水并非一直都是红色的。早晨湖水清澈透明，随着日照增强气温升高，颜色也逐渐变红。到了下午，湖水又会逐渐恢复清澈。而且即便在最红的时候，湖水也并不是通体变红，而只是表层湖水呈红色。
不仅如此，让专家们感到费解的是，湖水发红也不是从固定的一个点逐渐向四周扩散，而是随着水流、风力等环境因素的变化而不断变化。这种现象和他们平时观察到的地震前兆现象又有很大区别。
发生地震的可能性被排除了，村民们悬着的心终于放了下来。可住在海子边上的赵大爷却怎么也高兴不起来，因为听说海子里长满了“红色怪物”后，一家．人再也不敢喝海子里的水了，他每天要到几里外的地方挑水。
为了尽快消除百姓心中的疑虑，茂县疾控中心的技术人员紧急介入，对白石海子的水质进行了检验。通过检验，整个水源基本上符合饮水标准，对人畜都没危害。一场虚惊就这样平息了，可是这“红色怪物”究竟是什么？为什么会突然出现在风光秀丽的白石海子？
正当有关部门进行深入研究时，白石海子的血红色又突然神秘消失了，在之后两年时间里再没出现过。就在人们以为谜团将永远难解时，神秘”红色怪物”再次出现在白石海子。
水生所专家对白石海子的情况作了详细了解后，他们认为在淡水湖泊出现这种现象极为罕见。那么，这种“红色怪物”究竟是什么？从白石海子的水质和环境来看，他们初步认为这种“红色怪物”很可能是一种叫血球藻的微型藻类。
血球藻是绿藻类中的一种单细胞的微型藻类，其特点是细胞内含有一种红色类似于胡萝卜素的色素：虾青素，由于这种色素具有很好的抗癌作用，一些发达国家已经将其用于商业化生产。如果这种藻类就是血球藻，这对叠溪人来说无疑是个福音。但随着进一步观察，专家们发现这种藻类运动速度非常快，而这种特性是血球藻所不具备的。
那么它是血球藻吗？在高倍显微镜下这种引起轩然大波的神秘微生物终于露出了真面目。这种微型藻类的细胞核呈紫红色，在其身后拖着一条尾巴样东西。它确实不是血球藻，而是微生藻类的另外一种，叫甲藻。甲藻是很特殊的一种生物，它具有植物和动物的双重习性，植物学家认为它是一种光合植物，它有叶绿素能够进行光合作用，能够把无机碳变成有机营养，这完全符合植物的生物特性。但它却又长有鞭毛，也就是那个尾巴样东西，它能感受一些环境的刺激，可以游动，所以动物学家把它看成是动物。
正是由于甲藻这种独特的生物特性，所以它们在光线充足时就大量聚集到湖面，在阳光下摄取了足够营养后又会迅速游回湖底。那么为什么甲藻只在2001年和2004年出现呢？原来在2001年和2004年这两年当地气候有个共同特点，整个茂县地区出现历史上少有的干旱少雨，导致湖水水位急剧下降和水流减缓。正是这些原因给甲藻的生长提供了有利条件。白石海子湖水变红之谜一步步露出了真相。