但是，数学不能解开他对这个世界的困惑，于是他游历四方并自费参军。两年没有战事，他躲在巴伐利亚温暖的火炉边进行创作，当1620年那个漫长的冬天结束、他从屋子里走出来时，他的哲学思想已经基本形成了。
后人将其思想称为“哥白尼式的革命”，因为笛卡尔带来了一个全新的思想上的转变，那就是——参照物的改变。正如哥白尼认为地球不是宇宙的中心，地球其实是绕着太阳转的，笛卡尔重新梳理了人类的根基，认为人的意义，不是由上帝来决定，而应该是由人的思想来决定。
我思故我在
作为一个整个青春期都被填鸭式的神学教育所困扰的数学天才，笛卡尔非常想弄明白，人类的根基究竟是什么？在弄明白这个之前，得做一个必需的准备工作，那就是，确定一样可信的东西，如果能确定这个东西，并从这个确实可信的事物演绎推理，或许就能找到问题的答案。
可是这个世界上有什么是可信的呢？我们的肉体也许是一场梦境，唯一可信的只有——我怀疑这个世界是否真实可信。
“怀疑”是一个思维过程，它有持久性。既然这个世界上真实可信的只有“我怀疑”，那么我们的存在过程也就只能是“我怀疑”。
“我”又是什么？“我”是一个精神体、一个心灵，是思想本身。“我”的意义，不再是模仿，而是自我表现，“我”不需要遵从父辈的经验，因为感觉经验是假的，“我”获得知识的唯一渠道是进行知识推论。
现在，我们来仔细回想一下我们与古人生活的差别，古人依靠地缘和血缘关系聚集在一起，有明确的父子、君臣的等级制度，两个不相爱的人会因为利益而在上帝面前宣誓结婚，也会因为权威而被迫在一起生活、共事。而此时此刻的我们都是都市中独立的个体，我们追求自由，个体意识觉醒，等级制度不复存在。
而这一切的源头正是笛卡尔。在神所统治的漫长黑夜里，笛卡尔带来了第一束名为“理性”的光。
当然，在笛卡尔生活的年代，他的理论显得有点过于“嚣张”了。面对强大的宗教势力，笛卡尔选择了明哲保身，他的作品大部分未在本土发表，而选择了在环境较为宽松自由的荷兰发表。在叙述自己的理论时，笛卡尔也处处搬出上帝做掩护，表明自己是一个虔诚的教徒。这使他免于布鲁诺那样的火刑命运，但他依然难逃罗马教廷对他的监禁。