学生犯了错误，不进行批评教育，上来就打，这已经很可怕了。但还有更可怕的处罚，就是发配充军：“敢有毁辱师长及生事告讦者，即系干名犯义，有伤风化，定将犯人杖一百，发云南地面充军。”还有比充军更严厉的处罚吗？有！把违反规定的学生关进屋子里，不给饭吃，甚至活活饿死;逼迫犯了条款的学生自杀，或者干脆拉出去杀掉，或者千刀万剐——凌迟处死。有不少学生因为犯了规，最终被饿死。
有压迫就会有反抗。洪武二十七年，有一个叫赵麟的学生，因为受不了虐待，就在墙上贴大字报以示抗议。赵麟的行为，如果按照条例，只应该杖责后充军云南，但朱元璋担心处罚轻了，以后还会不断有学生反抗，便决定杀一儆百，拿赵麟开刀。他下令把赵麟杀了，把他的脑袋挂到一根长杆子上，把长杆立在学校门前，枭首示众，看你们还老不老实！
有一个叫金文徵的学录是个有良知的教职员工，他实在看不下去了，就上书朱元璋：“祭酒办学太严，监生饿死不少人。”但朱元璋却不予理会。没有办法，金文徵又想了一个主意，通过一番运作，由吏部发文，以年老为由，令宋讷退休。宋讷那年已经七十五岁了，也应该退休了，但这个家伙不甘心，跑到朱元璋那里，说自己之所以“被退休”，其实是金文徵等人运作的结果。朱元璋闻之大怒，将金文徵及有关人员全部杀掉，从此以后，再也没有人敢为学生伸张正义了。
朱元璋之所以对学生如此凶残，原因有三：一是由其残暴本性决定的，朱元璋是个杀人不眨眼的魔头，对学生自然也不会例外;二是朱元璋一直认为学生应该对自己感恩，是自己经过多年的革命战争，才为学生们换来今天的幸福生活，所以，他不允许学生在思想上对自己有丝毫的不满;三是想通过无情的打击和残酷的斗争，对学生进行心理上的震慑，让学生在恐惧中变成听话的“绵羊”，把他们打造成绝对服从长官意志、没有思想、没有个性、只有奴性的官僚，以此来保证朱明江山千秋永固。
经过这样恐怖震慑的学生，果然都成了只知读书的“绵羊”，没有任何创造力，诚如宋濂所形容的那样：“与之交谈，两目瞪然视，舌木强不能对。”这样的大学，让人毛骨悚然。这哪里是学校？分明是监狱，让人想到了奥斯维辛、古拉格群岛……
诚如明史专家吴晗所言：“明初的国子监与其说是学校，不如说是集中营、是刑场更适合。”