“地下冥王星党”自然不能放过这个机会。一支以艾伦·斯特恩为首的西南研究院团队几乎从一开始就积极准备起来。他们的对手有4家科研机构，其中包括著名的喷气推进实验室（JPL），后者已经成功探索过除冥王星和地球以外的所有太阳系七大行星。
为了既保证项目的科研价值，又不超出预算，团队只计划了三项基本任务：分析冥王星和卡戎的地质和形态特征;绘制冥王星和卡戎的地表成分图;弄清冥王星的大气流失速度。此外，他们还计划探测冥王星的高能粒子环境、磁场、电离层、太阳风等方面的数据。
但第一轮设计成本核算下来，远远超过NASA所能承受的经费范围。
如何缩减成本成了团队的一块心病。
就在团队陷入困境之际，同样对探索冥王星有浓厚兴趣的约翰·霍普金斯大学应用物理实验室（以下简称APL）找到了斯特恩，希望与他联手，共同争取NASA的资金支持。
APL在太空探索领域的成熟技术，使得项目运行的最终成本被压缩为7亿美元，在NASA的承受范围之内。当然，科研内容也有所缩水。林斯科特说：“最初设计的磁感应器被取消了，令人遗憾，但这总比项目被取消好多了。”
就在提交申请的最后时刻，探测器也有了自己的名字——“新视野号”。据林斯科特透露，这个名字是斯特恩在慢跑中想到的，他这样向大家解释其含义：踏入崭新的世界，领略别样的风景。
艰难起航
然而，开启崭新世界的旅程远不是通途大道。
就在NASA的项目申请截止期前一个多月，2001年2月6日，刚刚组建一个月的布什政府公布了新的财政预算案，宣布取消对NASA探索冥王星任务的支持，转而扶持探索木卫二的任务。
尽管已处于项目研制的最后阶段，新视野团队成员还是抽出时间，与JPL共同游说国会，动员所有熟识的议员，大力宣传探索冥王星的意义。一周的努力之后，国会通告NASA：必须继续冥王星探索任务。
2001年4月6日，NASA宣布新视野团队和JPL团队进入最终角逐，将于当年9月18日进行最后的论证。2001年11月29日，NASA宣布：“新视野号”探测方案最终胜出。
谁也没想到的是，仅仅在2个月后，2002年1月，布什政府再次宣布取消冥王星探索计划。这一次，新视野团队决定走群众路线。他们建立了一个请愿网站，用英语、法语等8国语言，恳请全球民众“为地球发声”，最终收集到了1万余份来自世界各地的签名。美国国家科学院也不甘示弱，集体决定，将对柯伊伯带的探索列为最优先的科研任务。
经过1年多的反复拉扯，2003年2月，布什政府终于正式批准了对“新视野号”探测项目的支持。而此时，距离探测器发射升空的最佳时间，已经不到3年了。
为了使探测器能够获得最大飞行速度，发射“新视野号”将采用美国推力最大的“巨神”运载火箭，它将给予探测器16千米/秒的飞行速度。这是地球太空探测器的最快速度，只需9小时便可抵达月球轨道，而同样的距离，“阿波罗号”飞船当年用了3天时间。
但为了在2015年抵达冥王星，这一速度仍然不够。从20世纪70年代起，美国的太阳系探测计划还普遍采用向木星“借力”的方法，即在穿过木星轨道时，利用木星清空轨道的巨大力量，被其“甩”出去，使探测器获得一个新的加速度。
为了满足这两个条件，“新视野号”的发射时间需控制在2006年1月11日至27日之间，若在此之后，向木星“借力”的效果将大幅减弱。若在1月29日发射，2016年6月12日才能抵达目的地;若发射时间晚于2月2日，便完全无法“借力”，“新视野号”就要用12年才能完成漫长的飞行。
2005年9月，“新视野号”已在美国航天发射中心整装待发，2006年1月11日至2月14日每天的发射时间表都已提前排好，然而意想不到的变故又发生了。
在远离太阳的深空，探测器无法依靠太阳能供电，“新视野号”设计搭载了一个小型的核反应堆，作为科研设备电源。