上海华海电脑电器有限公司的行为属我国《计算机软件保护条例》第三十条第（六）项所列的：“未经软件著作权人或者其合法受让者的同意复制或者部分复制其软件作品”的侵权行为，上海华海电脑电器有限公司应当承担相应的法律责任。对上海华海电脑电器有限公司的辩解理由法院不予采纳。
针对该案当事人争议的第二个焦点，法院在庭审中曾询问了微软有限公司在1998年6月知道上海华海电脑电器有限公司非法复制了微软有限公司的软件至该案起诉前是否向上海华海电脑电器有限公司主张过权利，微软有限公司陈述已向上海华海电脑电器有限公司发过律师函，但未提供相关证据，上海华海电脑电器有限公司对此予以否认。
法院认为，根据《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外”，鉴于微软有限公司起诉时间是2001年1月8日，距微软有限公司1998年6月知道上海华海电脑电器有限公司实施了侵权行为已超过法律规定的2年诉讼时效，法院对微软有限公司主张此节侵权赔偿的权利不予支持。
综上所述，法院认为，由于上海华海电脑电器有限公司在销售计算机时非法复制了微软有限公司的软件，致使微软有限公司软件的市场销售份额受到了影响，给微软有限公司造成了一定的经济损失。
依据《计算机软件保护条例》第三十条规定，有侵权行为的“应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、公开赔礼道歉、赔偿损失等民事责任”，故微软有限公司向法院提出的诉讼请求于法有据，可予支持。鉴于微软有限公司并未提供因侵权所遭受的实际损失和上海华海电脑电器有限公司非法获利的证据，并且微软有限公司在法庭上请求由法院酌情确定上海华海电脑电器有限公司应承担的赔偿数额，故法院综合上海华海电脑电器有限公司的主观过错、侵权情节、损害后果和微软有限公司为调查取证支出一定的合理费用等因素酌情予以确定赔偿数额。
微软有限公司要求上海华海电脑电器有限公司登报赔礼道歉的诉讼请求，考虑到上海华海电脑电器有限公司多次实施了侵权行为，给微软有限公司造成了一定的影响，微软有限公司的这一诉请法院予以支持。
依照《伯尔尼保护文学艺术作品公约》第五条1、《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条、《计算机软件保护条例》第六条第二款、第三款、第三十条第（六）项的规定，上海市第一中级人民法院于2001年4月24日作出如下判决：
一、上海华海电脑电器有限公司上海华海电脑电器有限公司停止对微软有限公司微软有限公司享有的MicrosoftWindows98（微软视窗98）及其MicrosoftWindows98中文简体字版、MicrosoftOffice97（ProfessionalEdition）（SimplifiedChineseLanguageEdition）〔微软办公室97（专业版）（中文简体字版）〕软件著作权的侵害；
二、上海华海电脑电器有限公司上海华海电脑电器有限公司赔偿微软有限公司微软有限公司经济损失人民币28万元，于本判决生效之日起10日内履行完毕；
三、上海华海电脑电器有限公司上海华海电脑电器有限公司于本判决生效之日起30日内在《中国计算机报》刊登致歉声明，版面尺寸为9厘米×11厘米，致歉内容须经本院审核，登报费用由上海华海电脑电器有限公司上海华海电脑电器有限公司负担；
四、微软有限公司微软有限公司的其他诉讼请求不予支持。案件受理费人民币7010元，由上海华海电脑电器有限公司上海华海电脑电器有限公司负担。
该案判决后，微软有限公司和上海华海电脑电器有限公司均未提出上诉。