为了套取差旅费，段振豪常常虚报出差补助，光是“到大庆和湖南出差”他就报销了50多万元的出差费。而他的工作性质几乎不用出差，每天在实验室里搞模拟实验就行。
他还曾以一百元一张的价格买来旅游公司的假机票到单位报销；把自己回家探亲，弟弟到秦皇岛见女朋友，学生回葫芦岛、哈尔滨见家人，情人到银川、大庆等处的票都以自己出公差的名义予以报销；还假借建网站的名义虚报过58500元。
段振豪所带的博士生和博士后一直保持有十来人。作为课题负责人他可以根据研究任务需要支配科研经费，但需在国家有关政策法规或者研究所的规章制度监督下合理使用，而这个不懂法的科学家却大量套取科研经费用来包养情妇。
等待判决的段振豪一度较为平静，他请求侦查人员和律师帮他把办公室的原版英文书带进去，要继续科学研究。因案件正在侦查，为防万一，他所要的书籍没能带进去。段振豪表示自己会认罪报法，只希望判刑后能在监狱里给他一定的平台，继续搞他的科研项目。
贪污百万获刑十三年
2012年2月，北京市第一中级法院开庭审理了段振豪涉嫌贪污科研经费案，北京市检察院第一分院起诉意见书指控：一、2002年至2011年7月，段振豪利用担任中科院地质与地球所研究员、计算地球化学及其应用学科组组长、中科院地球深部实验室主任的职务之便，伙同其秘书车春兰（女，52岁，北京人），以报销科研项目经费为由，使用虚假的票据报销差旅费、复印装订费，骗取科研经费共计124万余元。二、被告段振豪于2011年5月间，与他人签订虚假的网站开发合同，使用虚假的票据报销网站开发费，骗取科研经费5.85万元。
法庭上，段振豪认罪态度很好，一再表示认罪报法，对其指控的贪污事实予以认可，但对部分数额提出异议。他辩称科研所对课题经费有零节余的制度规定，他对经费节余部分可以提成。段振豪最后还请求法庭看在其还可以用自己所学知识为国家作贡献的情形下，对其从轻判处。
段振豪的律师提出4点辩护意见，1、段振豪及亲属退还了全部涉案款项，未造成实际经济损失；2、段振豪多次到湖南探望母亲的费用应扣除；3、段振豪在中科院纪检部门承认了报销假票据的事实并退出部分贪污款项，应认定为自首；4、段振豪是位有影响的科学家，具有重大科研贡献，应酌情从轻处罚。
最后，法院审理时获知，中科院地质与地球所确实有关于课题负责人可以获得结余金额提成的约定。但段振豪作为课题组负责人，在课题经费出现结余时只能依照既定程序提取课题提成，他使用课题项目无关的虚假票据虚报冒领科研经费的行为具有违法性，故他的相关辩解缺乏事实与法律依据，法院不予采纳。同时，法院也没有采纳段振豪律师关于其有自首情节的辩护意见。
2012年12月18日，法院判决被告段振豪犯贪污罪，判处有期徒刑13年，没收个人财产人民币27万余元。
判决后，北京市检察院第一分院反贪局侦查一处的办案人员对《方圆》记者说，总结段振豪贪污公款的行为，他的作案手段极为简单，从他回国开始，他就在着手贪污划拨给他的科研经费。办案人员调查的近两百笔财务账目反映，段振豪并没有出差的机会，他的秘书、同事、学生都知道他就在北京的实验室工作，但账面上却记载着他从1月到3月在外地的车票，这一看就是不可能的，一定是假的。机票也是实名制，名字和身份证号码根本对应不上。段振豪频繁报销的机票均是花100元在西单一家旅游公司买的假票。而且，他以学生名义报销的票据大多数学生根本不知情。
从账面上看，段振豪去得最频繁的就是大庆、银川和湖南，这三个地方的票据多达66笔共计80余万元，而这三处正好是他包养的情人住地和自己的家乡。段振豪为了弄到假票据，亲自或让秘书与网络制作和复印公司联系，将科研经费打到上述公司，在这些公司扣除了15%至17%的手续费后，再将公司返回的现金占为己有。
为了方便报假账，段振豪甚至让秘书拿着他的私人名章在内部支票上盖章。直到2011年春节前，段振豪发现他的科研经费余额里少了10余万元，怀疑是秘书私吞了，才通知财务部其名章作废。
（文中除段振豪外其他均为化名）