不论是省内各地各级法院比例不同，还是比例接近，都可能造成一些问题。浙江省台州市中院研究室法官王圣杰一直关注员额制改革，他向《南风窗》记者分析道，“在发达地区考虑缩减员额的时候，欠发达地区可能面临的是法官的稀缺。所以不能用同样的标准和进程要求全国不同的地区”。
王圣杰提出一个渐进的员额比例方案，在改革初期不需要对员额比例进行严格的限制，可根据现有法官数量编制序列或作小幅度缩减。原则上不再新任命助理审判员，并且设定法官序列只出不进，随着高龄法官逐步退休或退岗，法官比例自然降低。以目前的法官年龄结构，经过3至5年的消化，法官比例下降10%甚至15%是水到渠成的。
让领导先入员额？
海南是第一批试点省份中员额制推进最迅速的一个。今年1月份，海南将全省法官集中在一起考试，根据考试结果，再结合其他考核标准，从符合资格的1393人中遴选出了1133位员额内的法官。但是根据公布的数据，参加考试的只有1170人，除了30人弃考以外，还有193人未参加考试，全部都是海南各级法院的院长和副院长。在事后海南方面公布的入额法官名单中，他们都直接进入了员额。
据海南省高院一位不愿具名的法官向《南风窗》记者透露，海南省各级法院院级领导都直接进入了员额。记者几经查询，未发现有公开的相关规定。据这位法官透露，考试成绩只占最终遴选分数的40%，其余60%主要看法官的资历、院党组打分、法官的职务，以及发表文章等指标，其中最为“重头”的是院党组打分和职务。也就是说，担任庭长、副庭长的法官比一般法官具有更多优势。
“资历比较老的法官进员额一般没什么悬念，真正的竞争是在年轻法官之间，比如刚评上助理审判员没多久的法官，他们资历差不多，都没什么职务，因此考试结果就能决定他们能否进入员额。”这位法官分析道。
在员额制改革启动之初，许多学者便担心，法院领导会首先占据员额指标。根据著名法学家陈瑞华分析，以基层法院为例，院级领导加上各业务庭的庭长、副庭长，已经占去员额比例半数。
浙江省某法院一位“80后”法官告诉《南风窗》记者，他们院里和他同龄的法官基本上已经做好了只能当法官助理的心理准备了。广东省佛山市顺德区法院的员额制改革结果，也基本印证了年轻法官更容易出局的结论。顺德区法院经过2014年7月、2015年5月两次选任，共选任了130名主审法官。其中133名“80后”法官报名，只选上了28人；而157名资历较老的法官报名，共入选了102人。
多位法官向《南风窗》记者分析，进入法院不到10年的年轻法官实际上是法院的办案主力，承担了大部分案件的审理工作。
到底谁进谁不进，员额制是否会对年轻法官造成不公平？近期中央层面的领导多次发言表达了对此的关注。中央政法委孟建柱书记不久前讲话称，“如果领导干部进入员额又不办案，或者少办案、挂名办案，一线法官、检察官就不会服气，我们做思想工作也就没底气”。最高法党组成员、政治部主任徐家新也提出，“领导干部入额必须一视同仁，对不能在一线独立承办案件的，或达不到审判绩效考核要求的，应一律按要求退出员额”。
青海省也已经启动了员额制改革，在院领导进员额的问题上，显得更为谨慎。在研究院级领导是否直接进入员额的问题时，青海省委政法委认为，这样的做法会让遴选工作大打折扣，如果领导干部进入员额又不办案，或者少办案、挂名办案，一线法官、检察官就不会服气，整个司改工作的宣传工作也就没了底气。为避免争议，青海规定，在出台具体可行的办法之前，先行试点的法院院级领导暂不进入首批员额。
上述浙江省某法院法官向《南风窗》记者分析道，院领导是否进员额还涉及比较复杂的问题，首当其冲便是审委会的制度。院领导一般同时担任审委会委员，假如进不了员额，没有审判权力，那么在审委会的工作怎样开展？对于法院综合部门的领导来说，情况还更复杂，例如法院内部重要的政治部与纪检组，这些部门领导都可能兼任审委会委员，但又不具体从事审判工作，是否让他们进员额，也是一个有争议的问题。