由于蒋介石与史迪威就战场产生分歧等诸多矛盾，美国对蒋介石也颇有嫌恶。值得注意的是，在抗战末期，美国逐渐对中共“倾心”，与中国共产党保持了较好的关系。内战爆发后，美国彻底抛弃了国民党。
“攘外”不忘“剿共”
除了在国际局势上费神费力，“腹心之患”中国共产党的发展壮大，也引起了蒋介石的忧虑。在抗战爆发之初，两党关系曾适度缓和。他考虑的是如何在控制共产党的同时，通过谈判“放宽共党，使之尽其所能”。
蒋介石意在促成苏联出兵，由于中共代表无法满足国民党这方面的需求，他又转变了态度，担心中共割据壮大，于是劝说共产党同意组织上两党合并。蒋介石称，中共可以加入国民党成为一个派别，取消共产党的组织。周恩来明确拒绝，称党不能取消，两党也不能合并，所有的问题只能从联合上找出路。
1939年，国民党颁布《防止异党活动办法》，开始限共。但在共产党占军事优势的地区，国民党处于下风。山西新军在八路军的秘密支持下，占据了晋西北，成为八路军一部分。河北的鹿钟麟试图取消共产党人主导的行政公署，然而鹿的部队大多属于杂牌兵，被八路军各个击破，赶出了河北地界。1940年10月，苏北最主要的国民党军韩德勤部在黄桥镇被陈毅一举击溃。从这些战役可以看出，中共军队的战斗力已经不在国民党非嫡系部队之下。
1940年秋天，国民党对中共敌视加剧，两党因划界问题陷入僵局，在国民党内，以武力清除黄河以南八路军、新四军的主张开始占支配地位，不少国民党军政要人要求蒋介石用武力来解决问题。蒋介石批准了何应钦白崇禧的《剿灭黄河以南匪军作战计划》。
国民党一些军政长官对之前在山西、河北、苏北的失败很不服气，他们自恃力量强大，急于与中共一战。基于抗日大局，蒋介石的基本方针是一面准备军事，一面仍主政治方法解决，不使两党关系全面破裂。
内政中，列强硕大的身影依然会出现。蒋介石之所以批准军令部的计划，就是基于对苏联政策的估计。他认为中共态度受苏联意志影响甚大，由于苏日关系紧张，苏联对国民政府态度友善，即使发生战事，国民党军也不会吃亏。
在这种背景下，1941年1月4日终于爆发了震惊中外的皖南事变。
奉命转移的新四军9000余人在安徽茂林地区，突遭国民党军队8万余人包围袭击，除约2000余人突围外，大部分壮烈牺牲或被俘。1月17日蒋介石反诬新四军“叛变”，宣布取消新四军番号。激起全国人民的极大愤慨。
旧耻虽雪，新耻又染
1945年2月3日，决定战后中国命运的雅尔塔会议召开，罗斯福、丘吉尔与斯大林进行了秘密会谈，美英希望苏联尽早落实对日宣战并出兵，苏联则开出了很高的价码，除了要得到20世纪初期日俄战争中沙俄失去的利益，很多内容都涉及到中国主权，诸如保持外蒙古现状，大连为国际港，保证苏联在大连的特权，恢复租借旅顺作为海军基地，中长铁路由中苏两国合营。罗斯福为了尽快让苏联出兵以减轻美军伤亡，对上述要求未加拒绝。但在会议结束后的公告中，这些内容只字未提。