“要像嘛。”他停了一会，“不然不真。”
《聂隐娘》的拍摄选景横跨台北、宜兰、内地各处，甚至日本京都和奈良这些唐建筑保留较多的地方。仅在内地，就先后在湖北神农架、武当山、大九湖、利川、随州、内蒙、涿州多地取景。
在台湾中影的拍摄现场，侯孝贤放弃现成的摄影棚，让美术组把内景搭在空地上，建造了片中的大殿、聂府、天元寺等场景。“因为摄影棚你要制造风，要挡光，那些都是假的，没办法那么好。搭在空地上，那些光线都是真实的，风也是自然的，纱帐什么的被风吹得鼓起来，有时就啪啦啪啦。那些自然光线在拍摄的时候，我们也只需要补一点点光。”侯孝贤说，这样做的目的，依然还是为了抵达那两个字：写实。
“引进阳光，整个空间就有了穿透感。”摄影师李屏宾说，他也是侯孝贤的御用金牌摄影师。
片尾部分，聂隐娘上山见师父，拍摄地是在湖北神龙架大九湖湿地，海拔两千公尺，山间盆地有9个大小湖泊，因而得名。拍摄之初，剧组也尝试过放烟，营造一派山间空濛隐逸。但效果始终不理想，烟饼对演员身体和环境都不利。正好一拨一拨的云飘过来，李屏宾深知侯孝贤工作习惯，及时地抓住了眼前的神奇一景。
“跟导演合作那么久，会有一种默契。侯导拍摄从来不会试戏，当时就是山风的运动和演员的戏一气呵成。”李屏宾说。
站在山头扮演隐娘师父的许芳宜也是吃惊于侯孝贤“宁可错拍，没有彩排”的创作方法，“他是多么地相信当下。”
“拍戏本来就是随机应变，你要牢牢抓住客观实体，就什么状况都可以拍，下雪有下雪的拍法，大雾有大雾的拍法。若没有清晰的客观实体，就很容易受到外在环境牵制，搞得天气一变，马上就不知道要怎么拍了。”侯孝贤说。
从前拍片时，侯孝贤认识一个制片。每次看景如果需要一条巷道，他会找七八条还无法决定，总觉得哪条都不错。侯孝贤告诉他：其实一条两条足够了，你就在这里面进去，专注进去之后，你就会看到别人看不到的细节。不专注进去，你就不知道在别的曲折中间，有什么可以让你更自由表达的空间。
“我常常就觉得，对我来讲，限制就是自由。”侯孝贤说。
在大九湖的山脚下，侯孝贤找到了当地的居民，那些土质结构的老房子因为当地的熏肉习俗，墙上都黢黑了。这些自然实景甚至连村民的方言，都直接进入了电影中。因为觉得大九湖的灌木里打斗不美，侯孝贤又带着剧组来到内蒙红山军马场的白桦林。
尽管是一部武侠动作片，但侯孝贤放弃了所有吊威亚的镜头，除了隐娘和田季安有一场房上对打，其余所有打斗都站在地上。为此，香港动作指导董玮需要教会演员完整的动作，以便融入侯氏一镜到底的动作打斗中。
“就是要有地心引力。”侯孝贤用一句简单的话，传达他要的动作质感。