震于“科学方法”之美名，往往割裂史实，为局部狭窄之追究。以活的人事，换为死的材料。治史譬如治岩矿，治电力，既无以见前人整段之活动，亦于先民文化精神，漠然无所用其情。彼惟尚实证，夸创获，号客观，既无意于成体之全史，亦不论自己民族国家之文化成绩也。
文中没有点名，然而读者一眼就能看出说的是胡适、傅斯年等新文化运动领袖主导的新考据派。这是当时史学界的主流学派，有着重视考据、主张专题研究、骛趋新材料等特点，同时鼓吹西化中国。
钱穆对这股学风的不满，在抗战爆发前就已表露出来。在1937年出版的《中国近三百年学术史》自序中，他就写道：“今日者，清社虽屋，厉阶未去，言政则一以西国为准绳，不问其与我国情政俗相洽否也。扞格而难通，则激而主‘全盘西化’，以尽变故常为快。至于风俗之流失，人心之陷溺，官方士习之日污日下，则以为自古而固然，不以厝怀。言学则仍守故纸丛碎为博实。苟有唱风教、崇师化、辨心术、核人才，不忘我故以求通之人伦政事，持论稍稍近宋明，则侧目却步，指为非类……斯编初讲，正值‘九一八事件’骤起，五载以来，身处故都，不啻边塞，大难目击，别有会心。”
在《论语新解》里，钱穆解读孔子所说的“小人儒”：“推孔子之所谓‘小人儒’者，不出两义：一则溺情典籍，而心忘世道；一则专务章句训诂，而忽于义理。”
都在强调著述要有益于世道人心。事实上，钱穆在治学上主张考据与义理并重，并不反对考据，他反对的是不以义理为归宿的考据，“考据之终极，仍当以义理为归宿，始知其所当考据之真意义，与真价值。”（1955年《新亚学报》创刊辞）
时贤对《国史大纲》有赞誉，自然也有不认同。该书付印后，史学家张其昀在重庆见到傅斯年，问傅对这本书的意见。傅斯年答：“向不读钱某书文一字。”并表示：钱穆屡屡言及西方欧美，但他的这些知识尽从读《东方杂志》得来。张其昀问：“你既然不读钱穆一个字，又如何知道得如此详细？”傅斯年不答。
此外，钱穆在书中表现出来的保守主义立场，也引起左倾学者的不满。闻一多公开在报纸上骂他“冥顽不灵”，联大左倾教授一时视钱穆为公敌。钱穆不以为意，在闻一多遇刺身亡后，还特意到其遇难之处凭吊。
学生也有反对。学者何兆武早年是西南联大学生，曾上过钱穆的课，他在《上学记》中回忆说，“钱穆先生的《国史大纲》，里面很多见解我不同意，不但现在不同意，当时就不同意。钱先生对中国传统文化的感情太深厚了，总觉得那些东西非常之好，有点像情人眼里出西施，只看到它美好的一面，而对它不怎么美好的另一面绝口不谈。”
这也是蒋梦麟的看法。蒋梦麟是北京大学历史上任职时间最长的校长（1930-1945年在任），内战后离开大陆。1960年代，钱穆赴美国讲学，故人重逢。蒋梦麟说：“我已经读你的《国史大纲》到第5遍了，似乎你的书说古代的优点太多，说缺点很少。”钱穆反问：“书中所写的优处，有没有不妥当的地方？”蒋梦麟答：“没有。”钱穆说：“既然没有，那就无妨。如今国人喜欢批评中国旧传统，却绝口不提优点，我的书可以矫正这个偏颇。你觉得如何？”蒋梦麟点头称是。
这个回应，可说是钱穆关于《国史大纲》的夫子自道，也是他书生报国的用心所在。抗战期间，甚少评论时政的他一改前辙，在报刊撰文论政。在1941年10月《思想与时代》月刊第3期上，他发表题为《中国传统政治与儒家思想》的文章说：“我国自辛亥革命前后，一辈浅薄躁进者流，误解革命真义，妄谓中国传统政治全无是处，盛夸西国政法，谓中西政治之不同，乃一种文野明暗之分，不啻如霄壤之悬绝。彼辈既对传统政治一意蔑弃，势必枝蔓牵引及于国家民族传统文化之全部。于是有‘打倒孔家店’、‘废止汉字’、‘全盘西化’诸口号，相随俱起。”矛头指向了新文化运动。
抗战期间，人在美国的胡适，在1943年10月12日的日记里说：“这几天读张其昀君借给我看的《思想与时代》月刊。此中很少好文字。张其昀与钱穆二君均为从未出国门的苦学者。他们的见解多带反动意味，保守的趋势甚明，而拥护极权的态度亦颇明显。”
在一个求新的时代里，钱穆以峻绝之姿，为“旧中国”说话、批评主流学派，学界为之一震。而在此之前，他曾经被人视为主流学派的一员。
从中学教师到北大教授