钱穆没有兑现跟诸祖耿说的话，他随华侨大学迁去了香港，看着满街流离失所、无处问学的青年，在“手空空、无一物”的条件下，与唐君毅等人创办了新亚书院以及新亚研究所，传播中国传统文化。
在香港，他牵挂大陆的家人，一心想将他们接到香港生活。但子女们选择了拒绝。
钱穆决意不回大陆。在颠沛流离中，他的新亚书院逐渐有了名气。1963年，在港英政府的主导下，新亚书院与联合书院、崇基书院合并，成立香港中文大学。这个名字是钱穆定的，他将一所港英政府治下的高校命名为中文大学，用心如何，一看便知。中文大学成立后，钱穆与校方的矛盾很快显现，他无法认同校方在用人等重大问题上的处理方法，而校方也对他的建议多不采纳。失望之下，再加上行政事务确实影响著述，最终他离开了新亚。为示抗议，他选择了辞职而不是退休，为此失去了一笔可供安享晚年的退休金。
1967年，香港难民潮涌起，这块弹丸之地变得不安起来。钱穆决定移居台湾。这时候，猝逝于1950年的傅斯年，以及去世于1962年的胡适，没能看见故园“文革”的发生。
抗战胜利后，钱穆就淡出学术界的主流平台。1946年西南联大完成历史使命，北大、清华、南开各自复校北平。傅斯年代理北大校长职务，其时不在昆明的联大同事都接到了聘书，钱穆却没有等来聘请通知。
不能回北平了，他选择留在昆明，任教于五华书院，同时到云南大学兼课。当时西南联大的同事中，留在昆明的仅有两人，其中一个是刘文典。刘文典是出了名的“瘾君子”，除了在云南大学上课外，整天都待在家里吸鸦片，极少见外人。听说钱穆在昆明，却马上出门，步行到其住处畅谈–所有认识刘文典的人，都对他这个举动十分惊讶。
然而钱穆没在昆明待多久，就因为胃病复发回到了家乡，在无锡新成立的江南大学做文学院院长–那是1948年，也在这一年，胡适、傅斯年主持评选中央研究院首届院士，确定了81名院士名单，钱穆落选。
严耕望说，以钱穆当时的成就与名气，却未能入选首届院士，令中研院被讥为“诸子皆出王官”。关于落选的原因，严耕望分析说，“盖自抗战之前，中国史学界以史语所为代表之新考证学派声势最盛，无疑为史学主流。唯物论一派亦有相当吸引力。先生（钱穆）虽以考证文章崭露头角，为学林所重，由小学中学教员十馀年中跻身大学教授之林，但先生民族文化意识特强，在意境与方法论上日渐强调通识，认为考证问题亦当以通识为依归，故与考证派分道扬镳，隐然成为独树一帜孤军奋斗的新学派。而先生性刚，从不考虑周围环境，有‘自反而缩，虽千万人吾往矣’之勇决气概，故与考证派主流巨子之间关系并不和谐。”
有意思的是，学界巨公不欢迎钱穆，却欣赏钱门弟子，严耕望就是在傅斯年的赏识下进入史语所。1958年胡适到台湾出任“中研院”院长后，严耕望鼓起勇气向胡适写了长信，建议他选钱穆为院士，以洗脱“中研院”排斥异己的形象。
胡适同意了。然而直到胡适去世，钱穆都未能成为院士。根据严耕望的委婉说法，是由于院内“少数有力人士”的阻挠，导致钱穆并未通过。余英时曾说，“中研院”领导层中，还是胡适对钱穆的成见最浅。1967年，“中研院”内部终于对钱穆成为院士一事没有异议了，严耕望去找钱穆签名，不料遭到拒绝，“先生拒绝提名，相当愤慨地说：民国三十七年第一次选举院士，当选者多到八十馀人，我难道不该预其数？”无奈之下，严耕望只得通知“中研院”撤销提名。
到了1968年，在严耕望的争取下，钱穆终于同意提名，成为院士，接近全票通过。对于他来说，这是一个晚到了20年的头衔，也仅比弟子严耕望早两年。
1958年元旦，张君劢、唐君毅、徐复观发表《为中国文化敬告世界人士宣言》，这被视为“新儒家”流派形成的标志性文本。文章刊发前，张君劢等人邀请钱穆签名。笃信“学者不可无宗主，而必不可有门户”（清代学者章学诚语）的钱穆，拒绝了这个签名。自此之后，他与新儒家渐行渐远。
据余英时回忆，1964年钱穆辞去新亚书院的职务时，向哈佛燕京学社申请补助，以撰写《朱子新学案》，这是他晚年最重要的著作。燕京学社这项补助一向只针对学术机构，不针对个人。这时新亚方面希望钱穆也辞去研究所所长的职务。钱穆不得不以个人名义申请这项补助，在杨联陞的帮助下才获通过。