1988年8月8日，原本学生在茶室产生的纠纷，引起仰光码头工人的罢工，进而使成千上万的民众在市政厅前游行反对戒严法。接近中午，军队突然采取行动驱逐示威者，政府称有100多人遇害……动乱蔓延。昂山素季并没有参与这场示威游行，而这也引起了很多学生领袖的不满。就在此时参加游行示威的仰光大学历史教师姚傲敏（Nyo Ohn Myint）找到了昂山素季，请她成为抗议活动的领导人。昂山素季一开始坚持拒绝，表示只愿做政府和抗议学生间的调停人，但她随后松口，解释说她不想做投机分子，不想接手已经在进行的运动，如果人民真的需要昂山的女儿，“我会去做”。昂山素季把自己家的餐厅设为临时办公室，后来这里成了她自己政党的主要办公室。
这段时期，昂山素季依旧在家庭的怀抱里，她照顾着病重的母亲，督促儿子做功课，还挤出一点时间写她的缅甸文学研究论文。而当她1988年8月26日在仰光雪德宫大金塔西门外广场对近百万民众发表演说时，阿里斯带着两个儿子就站在她身后。“眼前的危机举国上下共同关注，身为我父亲的女儿，我不能置身事外。”
很快，9月底独立政党全国民主联盟诞生，昂山素季担任秘书长。正当昂山素季准备全力投身新党之时，她的母亲于12月底去世了。但现在不只是她，连阿里斯和两个孩子也很清楚，昂山素季已经有了新的责任。相比于妻子和母亲的身份，昂山素季需要继续成为缅甸民族英雄的女儿。
1989年7月19日烈士节当天，昂山素季临时取消了游行计划，但仍有很多群众前往忠烈祠游行，军队以戒严令逮捕了人群。虽然没有发生流血事件，但第二天晚上，昂山素季的全国民主联盟顾问团40多人被送进了永盛监狱，而她自己也以《刑法》第十章“危害国家安全罪”遭软禁。
政治犯
“前面几年最糟，他们把我投入深渊。”昂山素季在2010年获释后曾对BBC记者这样回忆软禁早期的生活。同党、朋友、孩子、丈夫纷纷被迫离她而去，没有访客，没有电话。1989年圣诞节，缅甸政府允许阿里斯回仰光看望昂山素季，这时的她已经养成了规律的生活，每天4点半起床，以1小时内观冥想开始。阿里斯后来回忆：“那些天是我婚姻生活中最快乐的回忆，日子好平静，昂山素季已经养成运动、阅读、弹钢琴的规律作息。我每天拿出一样带来的圣诞礼物，持续好几天。我不怀疑这是我们最后一次相聚。”假期结束，阿里斯离开，他无法再申请到新的签证，两个儿子的缅甸国籍也被吊销。阿里斯说：“缅甸政府打算把她和孩子硬生生分开而击垮她的意志，希望她会接受永久流亡。”但昂山素季很清楚，只要她离开缅甸，就不可能再回来，而她的党和被关押的党员们很可能遭受更悲惨的厄运，于是她决定留在缅甸独自生活。软禁期间她的宅邸外士兵无数，屋内也有15名士兵看守，陪同她的人除了管家、管家女儿和女佣外别无他人。
昂山素季一直不愿意多谈自己选择的个人和情感代价，而这些抉择对孩子的负面影响更是很少提及。“放弃儿子们的牺牲很大，作为一个母亲来说是最大的遗憾。”她说。由于没钱，她叫卫兵把家具搬出去变卖，以换取食物。她后来接受采访时说：“我有时没钱吃饭，因为营养不良而掉头发，我的体重后来降到了41公斤。我担心死于心脏衰竭而不是饥饿，后来眼睛出了问题，脊椎也退化了。”
几年后获纳塔尔大学荣誉学位时，她的谢辞中主要写了那段软禁初期的领悟：“必须走过苦难人生道路，要设法从磨难中寻找力量，从忧患中获得智慧。”佛教给了她很大帮助，阿里斯曾在圣诞节送给她一本班迪达法师的著作《就在今生》，她从每日禅坐中得到收获。“我们要心怀慈悲的全面民主，关爱和同情应该是政治的一部分。”她在数年后回忆1989年拜会班迪达法师的文章中写道，“班迪达说人不只是应该说实话，说的话也应该和谐、宽厚、有益大家。”
1990年5月27日，缅甸举行了30年来首次普选，军政府此前特意出台新规定，家属是外籍的缅甸人无参选权，昂山素季被排除在外。虽然民盟所有的高层领导人都遭囚禁，但该党仍以压倒性的优势赢得大选，取得国会485席中的392席。但昂山素季依旧遭囚禁，军方依旧掌权。在各方不断追问权力移交的情况下，军政府掌管的重建委员会7月表示由于当时宪法处于真空状态，1974年的旧宪法已经在1988年9月被废除，而且尚无新宪法取代，因此选举出来的485名议员中需要再选出100人，与600名担任政府顾问的军官一同组建制宪会议，在完成宪法的情况下才能组建新政府。在那之前，依然由重建委员会掌权，而胜选的议员候选人则被要求签署“190号声明”，放弃组成政府的权利。
1991年昂山素季获得了诺贝尔和平奖，18岁的大儿子亚历山大在颁奖典礼上代母亲致辞。1995年获释后，昂山素季也在媒体面前提到了南非：“昔日的死敌，为了民众的福祉而合作，我们为什么不能呢？”