2005年，世界卫生大会对《国际卫生条例》进行了大规模修订，这被视为全球卫生治理领域的里程碑事件。这次改革的直接动力是2002年11月开始的“非典”（SARS）。新型传染病的突然出击在37个国家造成了8273例感染，致死775人。
在WTO的框架下进行传染病治理，实质是以《国际卫生条例》这个国际法约束各国的行为。而国际法的根本问题在于其效力是由参与国的投入决定。主权国必须自动放弃在处理本国疫情的部分主权转而寻求国际合作。20世纪，大多数国家并不认为《国际公共卫生条例》、世界卫生大会执委会和其他专家委员会的决定具有约束力。普遍存在的担忧是如果公开疾病爆发信息，也许会招致其他国家对其货物和公民的禁运。
“非典”的爆发使各国坐到谈判桌前，愿意把更大的权力让渡到WHO手里。新修订的《国际卫生条例》明确WHO可以采纳非官方渠道信息源，根据流行病学原则进行评估，然后就此与当事国进行交涉。各国有义务通报任何会引起国际关注的公共卫生突发事件，“不论其起因和来源如何”。新条例也明确了各国应当建立何种应急机制。它同时规定，每个成员国要派遣一人，组成《国际卫生条例》专家组，专家组组长和其他专家任命“突发事件委员会”委员，该委员会就是否存在“全球关注的突发公共卫生事件”表态，提出被称为“临时性建议”的必要控制措施。
2009年3月，墨西哥政府和非政府组织的监测系统发现了超过预期的呼吸道传染病案例。根据2005年《国际卫生条例》的要求，墨西哥和同样出现了流感流行的美国向国际社会进行了通报。根据条例第49条，WHO在4月25日宣布H1N1的流行已经构成了“全球关注的突发公共卫生事件”，开始协调在世界范围内的诊疗设备和抗病毒药物调配，呼吁各国和企业捐赠疫苗，为95个欠发达国家提供了两亿剂疫苗。
H1N1流感是对2005年《国际卫生条例》的第一次被用于应对全球公共卫生紧急事件。令许多人失望的是，这次全球治理尝试引发了持续广泛的争议。
WHO和成员国之间关于警告级别的分歧很快就公开化。4月29日，陈冯富珍宣布H1N1型流感的警告等级为五级——这是分级警告制度创设以来发布过的最高级别。但墨西哥自行调低了首都墨西哥城的流感警告级别。5月底，日本的感染人数急剧增加，WHO再次考虑发布六级警告，但日本政府对此表示反对。各国的出发点很简单：提高警告级别将使低迷的经济雪上加霜。
另一面，世界卫生组织、联合国粮农组织和世贸组织等都声称猪肉和猪肉制品不是H1N1的传染源，但20个国家仍禁止进口墨西哥、加拿大和美国的猪肉和猪肉制品。WHO强调不建议针对甲型H1N1流感采取任何旅游限制，却无法阻碍许多国家对墨西哥实行禁飞。
矛盾直指传染病全球治理的核心问题：在控制疾病全球传播的过程中，究竟如何实现“最大限度的保证安全、最小程度的干扰国际交通运输和贸易”。