“我会为你祈祷，孩子。”父亲把手放到他的前额上，“主会保佑你。他会把光照到你的身上，他会给你安宁。你不该多说话，你要每天都这样躺着。”在蒙克的回忆里，他咳出的血染红了床单。
他14岁时，妹妹索菲也死于遗传性肺结核。而另一个妹妹劳拉不久就开始神志不清，有一天人们在街上发现她赤着脚眼神空洞，告诉人们说她要走到瑞典去。这时候蒙克开始怀疑精神病是否也像肺结核一样有遗传性。他祖母死于肺结核，而他的祖父在晚年曾因脊髓炎导致神志不清。此事常年困扰着蒙克，他后来写道：“疾病、疯狂和死亡是我摇篮上空的黑暗天使。”他的父亲克里斯蒂安是虔诚的基督徒，即使家庭遭遇了如此大的打击，他仍然严厉禁止自己的孩子怀疑上帝的意志。但同时，他自己也喜欢神秘主义的黑暗故事，蒙克小时候听父亲给自己讲得最多的故事是美国作家爱伦·坡的《乌鸦》。
蒙克一生都没有忘记妹妹的死。他的回忆录里详细地记载了当时的情况。父亲的角色总在狂暴和无奈之间摇摆。索菲死之前，他还让索菲唱圣歌。索菲挣扎着从床上起来坐到摇椅上，然后死了。蒙克一生都保存着这架摇椅，现在我们可以在奥斯陆的蒙克美术馆里见到它。这个场景后来被蒙克画进了《病中的女孩》（The Sick Child），并且几易其稿，这也是蒙克最重要的作品之一。
对于年少的蒙克来说，这样连续的死亡带来的除了恐惧，还有愤怒。上帝似乎打破了他与他们之间的盟约。在这段苦闷的时期里，他阅读了大量的陀思妥耶夫斯基的作品，这是对他影响最大的作家。一直到他晚年去世，他总是在重读这位俄国作家的小说。父亲克里斯蒂安也喜欢这位作家，但他更看重书中的宗教意味。而对于蒙克来说，陀思妥耶夫斯基的作品是最好的心理分析材料。他当时已经模糊地意识到自己未来绘画的方向。“就像达·芬奇解剖尸体去研究人体结构，我也试图解剖灵魂……而艺术家里没有人能比陀思妥耶夫斯基更深刻地穿透灵魂的神秘领域，他的方向是形而上学的，是潜意识的，外部现实对他来说只是表象，只是精神和形而上学意义上的象征。”他热爱阅读陀思妥耶夫斯基的另一个原因是后者的作品非常真实地描绘了家庭内部的冲突，其中弑父的动机和罪恶感、信仰和背叛的矛盾一直纠缠着他。虽然没有公开说出来，但索菲的死使他打算抛弃上帝，《卡拉马佐夫兄弟》是他的精神养料之一，无神论者伊万成了他最喜欢的人物。他也喜欢米嘉，后者仇恨自己的父亲，为自己是他的儿子而痛苦不已。当时俄罗斯哲学家尼古莱·费多罗维奇·费多罗夫（N.F.Fyodorov）在斯堪的纳维亚地区影响很大，他提出了一个假说，在基督复活那天，所有的儿子都要把他们死去的父亲从地里挖出来，也就是说，儿子们有了复活他们父亲的权力。蒙克读过他的著作，他的痛苦在于：挖，还是不挖？
卡尔·约翰大街上的一家咖啡馆见证了他的困惑。这家“大咖啡馆”（The Grand Cafe）现在依然在原址开放，保留了19世纪末的装修风格。蒙克经常在那里和他的朋友、也是老师克里斯蒂安·克罗格（Christian Krohg）交流。克罗格是挪威首批从巴黎学成归来的画家之一，他把流行的自然主义画风带到了挪威。也正是通过克罗格，蒙克结识了挪威第一个也是最重要的一个无政府主义者汉斯·耶格（Hans Jaeger）。耶格来自一个文化世家，他常吹嘘是他的祖先把歌德的《浮士德》翻译成了挪威语。他的虚无主义信念和激进的政治观点吸引了很多年轻人围绕在他周围，其中很多人来自信奉基督教的中产阶级家庭，在保守的观念中长大，对他们的长辈怀有极大的反感，却又不缺钱，不用去劳动。他们成天在这里喝酒，讨论赫尔岑、巴枯宁、马克思和进化论。有一次蒙克苦恼地向耶格倾诉自己和父亲糟糕的关系，耶格建议他弄把手枪打死父亲。