马六甲海峡从何时开始成为一条重要的贸易通道？从中国方面的史料可知最初中国与印度之间的南海商路并不经过马六甲海峡。《汉书·地理志》中有关于南海商路最早、最明确的记载：“自日南障塞、徐闻、合浦船行可五月，有都元国；又船行可四月，有邑卢没国；又船行可二十余日，有湛离国；步行可十余日有夫甘都卢国；自夫甘都卢国船行可二月余，有黄支国……有译长属黄门，与应募者俱人海，市明珠、璧琉璃、奇石异物，资黄金杂增而往。……黄支之南，有已程不国，汉之译使自此还矣。”这段话写的是汉武帝派遣宫廷官员，率领海员或者商人携带黄金和丝绸远航海外，换回大量奇珍异宝的旅程。学者基本对这趟旅程的终点达成共识，黄支国位于今日南印度的康契普纳姆，已程不国则是今天的斯里兰卡。整条路线于是明确：商队从中国广东出发后，便沿着东南亚半岛一些国家的海岸线西行，穿过马来半岛后进入孟加拉湾，最后到达终点。受到当时的造船水平和航海技术的限制，船只仅仅沿着东南亚半岛地区沿岸的浅水区域来航行。而穿过马来半岛，则是指登陆翻越马来半岛的南部。因此这条水路和陆路相结合的路线，又被史学家称作“马来半岛的联运航线”。
“联运航线”成就了扶南古国的崛起。3～6世纪的时候，扶南成为东南亚最强大的海上国家，版图包括今天的越南南部、湄公河中下游、湄南河流域的大半以及马来半岛的大部分地区。根据史料的记载，扶南和中国通使至少26次。523年，梁朝更授予扶南国王“安南将军扶南王”的称号，充分显示出扶南在东南亚的地位，特别是和中国朝贡贸易的频繁。其时扶南不仅以东南亚的特产金、银、铜、锡、沉香木、象牙等去换取中国的丝绸和印度及其以西各国的产品，更利用在南海商路上的居间地位发展中介贸易。例如扶南经常把从印度运来的西方产品，如苏合、郁金香、玻璃等再转贩于中国，以获得巨额利润。
扶南古国的衰落和航运路线由半岛向海岛区域转移有关。如果不突破马来半岛的陆地阻隔，东西方的贸易总是存在障碍。随着人们造船技术和航海水平的不断提高，便有越来越多的船只改从离岸较远的深海航行，并试图摆脱马来半岛的阻挠而直接穿过马六甲海峡进入印度南部。不过，要完成这种变化，却是经过了长期的、缓慢的过程。也许是经过了几个世纪的不断的冒险和探索，直到最后才完成这种变化。其中一个例子便是东晋高僧法显由印度、斯里兰卡两地求得佛法后取海路回国时遭遇险情的过程。《佛国记》中写道，法显在411年8月从斯里兰卡登上能载200多人的商船启航，只航行两日后即遇到风暴，大船已破渗水，他只好改乘小船。经过在海上90多日的漂流后，法显到了耶婆提（今天爪哇岛，或有主张苏门答腊南部），在此停留了5个月等待季候风的转换，再登船航行。一部分史学家认为，法显所走的路线，正是取道马六甲海峡的深水航线。
到唐初时，经由马六甲海峡的商道已经完全成熟。从唐代贾耽所著的《广州通海夷道》可以看出，当时航船从中国广州出发后，绕过海南岛东北，再沿中南半岛海岸到达今天越南南部的昆仑岛，穿过马六甲海峡（外国人称作“质”），然后进入印度半岛南部。由于这条商道，中国商船和阿拉伯帝国商船定期往来于中国广州和阿拉伯帝国首都缚达（巴格达）之间，广州和缚达成了当时东西方贸易中心和国际化大都市。
通过马六甲海峡的商道，也造就了海峡两岸港口城市的繁荣。事实上，从事东西方贸易的商人必须要在这里停留，才能继续航行。在风帆时代，商人们需要依靠季风来驱动船只，每年12月到翌年3月，他们可以利用东北季风南下，等到5月至10月期间，他们再借着西南季风返回家乡或者继续北上。马六甲海峡的港口因而也被称为是位于季风吹拂之下的“风下之地”。在等待季风变化的日子里，马六甲海峡就为过往商船提供了一个避风港，它们停泊在这里就仿佛是停在一个内陆湖上，免受了大洋之上惊涛骇浪的颠簸之苦。商人们在这里检修船只、整装休息，也同当地人或者他国商人交易本地土产或者异域货物。马六甲海峡的港口成为贸易集散地。