讯问一共进行了30次。检察官的审问策略是不以追究木户本人的责任为目的，而是以他的日记为时间线，得到其他人应该承担战争责任的证词。这与木户的辩护方针相契合，他不用花大量精力自我辩护，只需要把战争责任人的名字讲出来就好。比如在回答对美开战的问题时，直接指出陆军强硬派中心任务是佐藤和陆军省军务局局长武藤章。“整个参谋总部都积极地支持战争，海军中同陆军强硬派结盟的是石川信吾海军大佐，他因为美国对日石油禁运而焦躁不安。”
木户幸一并不像表现的样子那么诚实，陆军大将宇垣一成给他起绰号“银座的骗子”，在虚张声势方面一贯很擅长。日本研究东京审判的权威栗屋宪太郎曾经查阅过对木户的讯问笔录，他得出的结论是：“在旷日持久的讯问当中，既有淡淡的回答，也有主审官萨盖特许多追问不够之处。而且还有些地方分明是木户在说谎，却没有被看穿。这对并不通晓15年战争期间日本政治史的萨盖特来讲，也许是无可奈何。”
那些跟日记不符、显而易见的谎言，木户甚至想方设法与其他人串供。关于偷袭珍珠港，他第一次受审时说，自己事先并未得到天皇通知，是听广播之后才知道的。可他的日记里却写的是，因为担心袭击夏威夷而对着太阳祈祷，听到成功的捷报，感到得到了神助。为了自圆其说，他修改了说辞，早上6点听广播的时候，接到武官府的电话，通知即将开战，他大吃一惊，觉得这下捅了大娄子。为了防止进一步调查，他让辩护人转告侍从武官长，当天从武官府通知他开展的事情，要统一口径。
在“珍珠港事件”上，他进一步替天皇解释，没有人把这个奇袭计划告诉过他，天皇也不知道。陛下理解为是宣战之后才开始攻击。直到开战两三天后，参谋总长和军令部总长上奏时才知道偷袭受到美国强烈谴责。天皇对采取偷袭的行为不高兴。根据栗屋宪太郎掌握的资料，木户同天皇取得联系，以便如果讯问天皇关于“珍珠港事件”的情况，天皇的话跟他受审的内容保持一致。
在确认天皇安全的前提下，木户的回答很干脆，这让检察官效率很高。第四次讯问是关于“九一八事变”的。萨盖特问，柳条湖事件发生后，是哪些人不顾政府不扩大事态政策，策划扩大事态的。木户回答，是关东军的参谋军官们。一个叫石原莞尔的参谋军官态度非常强硬。在民间右翼中，点了大川周明。在第30次讯问中，萨盖特想确定“大东亚共荣圈”的代表人物，他举出东条英机、永野修身、及川古志郎、杉山元、武藤章的名字。除了及川以外，木户同意了这个名单。在最后选定的28名被告当中，木户指认了15人，超过了半数。
不起诉天皇
天皇裕仁和麦克阿瑟的合影照片，刊登在1945年9月29日所有的日本报纸上。在这张由美国摄影师拍摄的照片上，裕仁戴着眼镜，穿着正式的西装，昂首立正，而与他并排而立的麦克阿瑟穿着宽松的军服，双手叉腰，很随意地站在一旁。高大魁梧的麦克阿瑟映衬得裕仁愈发瘦小，而两人的肢体语言让人觉得实力超凡的占领军对天皇是追究责任还是保护都易如反掌，全看天皇的表现。
这张有预示日本命运意味的照片给日本人首先带来的冲击其实却是，他们第一次能把天皇的样子看清楚。在《新闻摄影记者的证言——战后新闻写真史》上记载，只有宫内省许可的摄影师才能给天皇照相，而且必须从至少20米以外拍。通常不能只照天皇的上半身，也不能拍他的后背，因为他有一点驼背。天皇微笑的照片不能公布于世，因为他是活着的神，神不应该笑。所以，日本人从前看到的照片都是天皇一动不动的立正站直，油然而生出遥远的、神圣的崇敬之情。
神化天皇是日本近代天皇制的主要内容之一。它起源于裕仁的祖父，明治天皇。在明治天皇登基之时，即便是京都的老百姓，也对天皇没那么多感情。可到了1889年制定的宪法里，天皇被称为是一个具有完整的、神圣血统的继承人。他神圣不可侵犯，是帝国元首、军队最高指挥者和国家权力的统揽者。他可以召集和解散帝国议会、发布诏书取代法律、任命和罢免国务大臣、文武长官和解散帝国议会。他是法律的依据，宪法不是用来限制天皇的，而是用来保障天皇权力的实施。
在1889年宪法框架里发生的侵华战争、太平洋战争中，天皇扮演了怎样的角色？木户总是强调天皇的“和平意愿”，可审讯官关心的是表示“和平意愿”的行动，因为所有人都看到了天皇在终止战争时发挥的作用，如果他愿意，那么行动呢？木户没有答案，不仅如此，为了让天皇与战争划清界限而交出的《木户日记》，让世人从字里行间看到了天皇的权力和行动，他从未盲从过军阀的意志。在东京审判判决时，法国法官就以《木户日记》中的内容为例，强调天皇对开战负有责任。