在侍从武官长奈良武次的日记里，还有裕仁对军队详细的指示。他批准了对锦州的空袭：“陛下指示，如果张学良在锦州附近重新集结部队，事件扩大不可避免，必要的话，余可同意事件扩大。”那次空袭中，日军违反国际公约，把炸弹扔向了平民区。在批准热河军事行动时，因为这牵扯到与国联的关系，裕仁的条件是：“注意绝对慎重对待越过万里长城一事，如不听从，将下令取消热河作战。”这不是对军队毫无控制力的口气。
是否追究天皇的战争责任，是开庭前的一个焦点问题。在美国，由国务院、陆军、海军组成的调整委员会让麦克阿瑟搜集证据，来判断天皇裕仁是否应该承担责任。在检察局选定被告时，澳大利亚的曼斯菲尔德检察官提交的战犯名单中，裕仁排在第七位，嫌疑罪名是破坏和平罪和违反人道罪。
为了应对，东久迩内阁拟出《关于战争问题责任的应答要领》给上下统一口径：陛下始终命令政府寻求使日美谈判圆满达成协议的途径，直到最后阶段仍未断念。关于开战的决定以及作战计划的执行等方面，遵循宪法实施惯例，陛下不能驳回统帅部和政府的决定。在袭击珍珠港之前，陛下虽然从陆海军参谋长处听过初期作战大纲，可没有接到关于实施细节的报告。陛下以为，上述作战计划如果要付诸实施，使用武力之前将用外交手段对付美国政府。
接替东久迩的币原内阁，则对1889年宪法给出了解释，天皇所决定的行为，应由其辅弼机关，政府和辅佐统帅大权的统帅部全部承担责任。这也是木户幸一接受审讯时，用来应对检察官的逻辑。连关押在巢鸭监狱里的战犯嫌疑人也通过某种渠道统一了辩护口径：第一，绝不能让天皇承担责任；第二，为国家辩护；第三，在前两项范围内极力为个人辩护。
裕仁自己口述了一份《独白录》，对开庭时可能会涉及的问题阐述想法，并把自己描述为一个无权的军国主义傀儡。有人推断，英文版应该转交了麦克阿瑟的秘书。
其实在两人合影的那个初次会面时，栗屋宪太郎推测，麦克阿瑟为了实现顺利占领，已经拿定主意不追究天皇的战争责任。所以，受他影响的国际检察局首席检察官季南向日本宪法和历史学者调查情况时，都是按照不追究天皇责任的方向来提问的。
在得知澳大利亚将天皇列为战犯的三天之后，麦克阿瑟向华盛顿发去了不起诉天皇的电报：“对他的控告无疑会在日本国民中引起巨大的骚乱，其影响是无法估量的。天皇是日本人统合的象征。排除了天皇，日本就会瓦解……很可能就需要供养一支百万的军队，无期限地维持秩序。”
不起诉天皇，让在巢鸭监狱里关了5个多月的木户松了一口气，也让日本人民松了一口气，战后他们持续强劲地支持天皇。可战争是以天皇的名义开始的，他不但没有作为被告，甚至没有作为证人出现在法庭上。远东国际军事法庭的公正和严肃被削弱了，难以说服他人，这是个依照法律进行的审判，而不是打着审判幌子的政治交换。梅汝璈在当时的日记里，就指出了这个问题：“某国检察官主张把日本天皇列入战犯起诉，在今天检察官会议中引起了激辩，结果是问题暂搁置，未付表决。我说，这是个政治问题，就纯法律观念来说，我实在看不出天皇对于日本侵略战争何以会没有责任。这个问题在法官们私人谈话间迭次讨论过，大多数人与我持同样观点。”
从占领政策上判断，天皇是个非常有用的人，轰轰烈烈的审判最后服务于美国的利益，这让东京审判失去了权威性。日本学者大沼保昭在文章中分析日本人对东京审判的“冷笑”心理：“说得挺漂亮，你不也在干吗？”
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