日军入城时为“国际委员会”成员的许传音博士讲述了日军实施三个月暴行的事实：安全区有一条规定，握有武器之人绝对不允许进入，也就是说中日双方的军人都不能进入安全区。但是日本兵以收容所和私人住宅里藏有中国士兵为理由，闯了进来。“日本兵用绳索将每10个或者15个中国人绑在一起，大约带走了1500多人。我立即向国际委员会的拉贝先生报告。拉贝先生与菲奇先生跟我一起，来到日本特务机关司令部抗议。日本人约定第二天上午给回复，结果第二天早上七八点左右，机关枪的声音传来，我们循声赶去，看到被带走的中国人被机关枪扫射，悉数被杀。”
当时有几百名日本记者和新闻纪录片摄影者随军，可是屠杀和强奸没有在日本报道。但是，日本从皇室到官员，都知道大屠杀的情况。大屠杀最激烈时南京城中日军最高将领、朝香宫亲王是良子皇后的叔叔、陆军航空本部长，东久迩宫亲王也是良子皇后的叔叔。陆军大臣、众议院议员、后备役、外务省也都知道。东亚局局长石射猪太郎在日记中吐露：“上海有信来，详细报告我陆军在南京的暴行，掠夺、强奸，触目惊心。天哪，这是皇军吗？”
松井石根是南京大屠杀时的司令官，面对检察官的询问，他为皇室开脱责任，朝香宫是入城前10天转入部队的，他与部队的关系短，所以没有责任。师团长才是责任的承担者。时任华中方面军副参谋长的武藤章又给松井石根开脱责任，说在占领南京的原命令中，只有选拔的模范部队才允许入城，但结果所有部队都入了城，为此，松井司令官呵斥了当时的幕僚。之后，松井大将在听说南京大屠杀之类事件之后，发狂一样严厉斥责了参谋长。然而事实是从天皇到司令官，没有人对暴行发布过实际的惩罚命令。
起诉书里，除了直接责任人松井石根，广田、板垣、武藤等文官都受到了追究。7名被判绞刑的战犯，并不是因为最主要的破坏和平罪，而是涉及南京大屠杀等暴行的战争罪，他们违反战争规则和习惯，杀害平民。罪状是“命令、授权及准许他们的下属官员违反战争规则而不断实施暴行。和故意蔑视自己的法律责任，不采取充分步骤保障遵守它们及防止它们被破坏，因而违反了战争法规。”
广田弘毅是死囚里唯一的文官，以广田弘毅为主角的历史小说《落日似火》是1974年的日本畅销书，还被拍成过电视剧。日本人一直不理解他为何要为军队的暴行偿命，他的悲剧绅士形象在日本广为流传，被描绘成受到询问时只在不得已的情况下才回答是或者否。可查阅过审讯记录的栗屋宪太郎写道，他不但向检方说清楚了木户幸一的重要作用，该承认和辩解的也都说了。
广田弘毅虽然不是侵略战争的煽动者，可在每个阶段，他都是机敏的追随者，跟他一样做过外相的币原喜重郎因为抗议陆军统治而辞去公职，可广田在1933到1938年，一直留在首相和外相这样大权在握的位置上，南京大屠杀的不作为是其中一项。法庭的理由是：“他以外务大臣的地位，在日军进入南京城后，立即接到了关于这类暴行的报告。根据辩护方面的证据，他认为这类报告是可信的，并曾经就这项问题咨照陆军省，还从陆军省得到保证，说将停止这种暴行。在得到保证以后，至少一个月中仍续有关于暴行的报告。他明知上述保证没有实行，并且每天都进行着成千的杀人、强奸妇女，以及其他的暴行，他却以此种保证为满足，他的怠忽已达到犯罪的程度。”
1998年，卢旺达问题国际刑事法庭对让·保罗·阿卡耶苏的判决时，把广田案作为先例：事实上，平民可以为违反国际人道法负上责任，这是确定无疑的，至少自从东京审判以来就是这样。在东京，日本前外务大臣广田为南京暴行中发生的犯罪行为被判有罪。
终点与起点
经过两年多的审理，1948年11月12日，判决的日子到来了。《朝日新闻》社会部的野村正男详细记述了战犯们听到刑罚的反应：土肥原听到自己被判绞刑，矮胖的身子一瞬间似乎摇晃了一下，然后当众无力地摘下耳机，踉踉跄跄地行了一个礼；广田闭着眼睛，向前弓着身子，听到英语宣判后摘下耳机，面向二楼旁听席上的女儿微笑后离开；板垣“啪”地向前迈出一步，利落地放下耳机，以一个士官学校学生的礼节离开，并没有行礼；木村作为东条的“副职”，预想到他被处以极刑的人少之又少；松井石根点了点头，迅速转向右边离开了，让人感到他在逃避命运；武藤章刮了胡子出席法庭，他转过头来行注目礼；东条英机泛绿的卡其布军服在灯光下似乎膨胀起来，对于绞刑，他轻轻地点了两三下头，向楼上瞟了一眼，不紧不慢地离开法庭；木户幸一被判终身监禁，他规规矩矩地鞠了一躬，有部分人预测他会是天皇的替罪羊，但这个预测现在被推翻了。
从结果上看，七个绞刑战犯为他们制定的侵略计划和无数家破人亡、无辜百姓被残暴杀害付出生命代价，正义得到了伸张。国际法律学者横田喜三郎强调，定罪是日本为进行侵略战争和实施暴行应得的教训。