东京审判被日本人看作开创未来的起点，判决一宣布，侵略战争就翻篇了。日本媒体的评论是：“军国主义被打倒、日本是有罪的，旧的日本在这一天已经结束了。”“东京审判意味着对明治以来的君主专制进行一次大手术，虽然其中伴随着巨大痛楚，但是可以说，这成了日本这一国家开启崭新一页的坐标。”所以，到了1949年，《朝日新闻》上关于东京审判的文章只有12篇，而从开庭到判决的两年多时间一共有1138篇。
东京审判迅速从公众话语里消失，然而它不是故纸堆，它影响着现实中的东亚关系。2001到2006年，日本首相小泉纯一郎年年都去参拜靖国神社，那里有12名甲级战犯和审判期间死去的2名被告的牌位。这种行为对中、韩等曾经被侵略的国家既是挑衅，也是伤害。但据《朝日新闻》2005年5月的民调，51%的日本人“不能理解中国把靖国神社当作问题的立场”。靖国神社之争的核心起因，东京审判被遗忘了。
不起诉天皇是个重要的原因，日本学者鹤见俊辅认为，天皇不出现在审判中，对日本人理解战争责任发出模糊不清的信息，战争责任既属于每一个人又不属于任何人。很快，侵略战争这种不光彩的过去和天皇的战争责任被当成了一个国家禁忌。
东京审判的意义并没有充分解释。英国驻日代表团观察到，日本民众将被告的战争责任视为战败，而不是基于从事侵略战争，他们不了解起诉书的实质内容，战后严重的饥荒和贫困要比冗长枯燥的法律程序更与他们息息相关。日本民众把自己战争和战后的悲惨遭遇归咎于战时政府，他们觉得自己也是受害者。侵略战争和东京审判是28个甲级战犯的事情，日本学者二村圆（Madoka Futamura）分析，民众一直以“旁观者”来看待东京审判，他们能够为自己参与的每一个战时行为找到辩解理由。
一场举国动员，持续17年的侵略战争，在东京审判的法庭上只有28人承担了责任，国民甚至对乙级、丙级战犯一无所知。美国占领军释放了甲级战犯嫌疑人，蒋介石同冈村宁次化敌为友。1949年1月份，蒋介石逃到台湾前，冈村宁次和260名在中国服刑的日本战犯一起被美国军舰接回日本，从此逍遥法外。日本的侵略罪行并没有像德国一样持续的反思和审判，他们迅速迎来同盟国张开的宽大胸怀，美国救济了日本的饥荒、压制了强烈要求追究日本侵略责任的菲律宾。同盟国告诉他们：“日本侵略责任在于一小撮军国主义统治者，不在日本国民。”可是国家是一个整体，没有人民支持的机构，是不会走向战争的。
帕尔法官在审判书后面所附的异议书是最著名的攻击武器，每个反对东京审判的日本人都会引用他的言论。帕尔代表印度出席远东法庭，在整个审判期间，他因为探亲和病假一共缺席了四个多月，是11位法官里缺席最多的人，可最后却写了一篇比判决书还长200页的个人意见书。他认为破坏和平罪是事后法，并且被告不应为日本军队犯下的暴行负法律责任，据此，他的意见书认为被告无罪。根据梅汝璈的回忆，帕尔从宣誓到判决始终不与其他十位法官合作，每每争辩，顽固坚持他自己的见解。但这也就是他的个人意见，并不代表法庭主张。
帕尔的意见书在1952年被松井石根的秘书出版。帕尔也曾经三次访问日本。1952、1953年，被岸信介邀请。岸信介作为甲级战犯嫌疑人被抓捕，只是在选被告的时候，委员会选了经历相似，但是更早升职的星野直树，他幸运地躲过审判，还在1957年出任日本首相。1966年，帕尔被岸信介的亲弟弟佐藤荣作邀请访日。佐藤在1964年出任日本首相，他称赞帕尔为和平运动做出贡献，颁发给他一等瑞宝章。岸信介的政治继承人是他女婿安倍晋太郎，也就是日本首相安倍晋三的父亲。
东京审判对现实和未来都太重要了，日本的学者和媒体打破禁忌公开评论。既有从80年代就研究东京审判的栗屋宪太郎精深的著作，也有媒体的特别文章。《朝日新闻》讨论日本人应该如何面对过去。《读卖新闻》指明战时每一个重要阶段由哪些人来负责。《读卖新闻》的董事长兼总编渡边恒雄认为，自己作为经历战争时期的老一代，应该在战争与责任问题上做些工作，他关注这样一个事实，日本人从来没有认真检视过自己的战争责任，特别是道德和政治责任。
（实习生刘畅对本文亦有帮助。本文参考资料栗屋宪太郎《东京审判秘史》、赫伯特·比克斯《真相，裕仁天皇与侵华战争》、大沼保昭《东京审判、战争责任、战后责任》、艾迪安·若代尔《东京审判，被忘却的纽伦堡》、藤田久一《东京审判：人道的正义还是胜者的正义》、格里·辛普森《书写东京审判》、户谷由麻《对被告的指控和定罪》，贾兵兵《东京审判在中国的遗产》、《梅汝璈东京审判文稿》、《南京大屠杀史料集，东京审判日方文献及报道》，特别感谢教育部哲学社会科学重大攻关项目《东京审判研究丛书》提供了丰富、前沿的研究资料）