剧本工作将近3年，易稿37次。朱天文说，侯孝贤最常讲的还是希望有个时光机器，让他跑去唐朝看一下，“看一眼，我就知道怎么拍了嘛”。“就这一句反复讲、反复讲，但其实现在好多大片拍了唐，可是人家也没这个问题啊。电影对别人就不过是剧情、对白、场景，大家把对白讲讲，这个、那个戏剧性铺一铺，就在这个场景里头做戏剧的表演。可侯导说真想去唐朝看一眼，就知道人物在这个屋子里头平常是在干什么。大家心里都晓得，那是因为侯孝贤电影是把情绪和情感放在日常动作日常生活里面，到‘聂隐娘’，侯孝贤的这些强项、他过往的优势都无法使用了。”朱天文说。
所以在做剧本的时候就尽量做到严整、严密。从前给侯孝贤写剧本，基本就是弄个大概，百分之三五十足矣，然后就留着导演自己到现场看环境有什么再添加，留空间也是默契。“可是这次你晓得如果你不做得尽量严整完备，尽量把这个故事环扣起来，到时候没有就是没有啦，那个现场里没有侯孝贤依赖的真实底子。甚至那个现场也变不出什么东西，比如临时缺个蜡烛缺个烛台什么的，那没法现找一个的，因为每个物件都得推敲，从美术到剧务要照着剧本准备。”
朱天文说《刺客聂隐娘》大概是她做过最像剧本的一个侯孝贤剧本。所谓的严整，第一个最重要的核心是聂隐娘为什么要杀人，凭什么去杀人。于是牵涉道姑的身世由来，她的剑术是怎么回事，凭什么这个师父可以杀人，才推理至聂隐娘为什么可以杀人。第二个就是说这个聂隐娘接受她师父的指令去杀这个人，到她不杀这个过程，不仅建立，而且要巩固铺陈这个理由，一步一步看这个武术高强的刺客怎么完成一个杀到不杀的过程。
“侯孝贤始终觉得这两个不成立的话，这电影怎么去说服人呢？先是她杀人这个是从小时候到现在要做的事情，得有个理由。然后为什么一步步偏离杀人的路线，最后就不杀了。从某方面来说，这其实像是做一个选择，然后她为她做的这个选择负责，一个人的故事。而在武侠小说里头刺客杀人是不用解释，过往的武侠讲忠孝节义，还有所谓的侠的东西，是恩仇相报。所以说到底从解释杀人就已是非常不类型的东西，非常不武侠的东西，武侠片是强有力的类型，不过到了侯孝贤，说到底又回到了人本身上来。”
再现唐的想象共同体
另一个方面，朱天文觉得，《刺客聂隐娘》的故事也就是书写某种唐的想象共同体的过程，这就像描绘出《诗经》里的那种中国山水，或是具象化诗词歌赋里的绵绵情思。“其实就是本尼迪克特·安德森说的《想象共同体》，我讲叫‘唐的想象共同体’，每个人都有自己心目中的唐，或者是汉唐。这次却是没办法，我们也不知道唐人是怎么生活的、生活细节什么的，所以是每一个人各自发挥所长。”
比如黄文英走遍世界搜罗而来的唐风掠影，结合进具体的人物生活时，钟阿城就是“活的博物馆，活的图书馆”。“东西其实都是装在他的脑子里头。他讲这些东西完全就是信手拈来。等到最开始做的时候，阿城跟我们描述那个器物的样子、名称、用途，我们写进去之后，当然美术组比如黄文英老师，开始做道具的时候还是会去参阅些器物的记载来历，配搭使用。阿城的渊博完全能负担起的是器物、仪礼的部分。”《刺客聂隐娘》里最年轻的编剧谢海盟，是朱天心与唐诺的女儿，从小是在“侯叔叔”的片场长大，曾入围台北文学奖，也是从《最好的时光》开始给朱天文和侯孝贤打剧本，到《刺客聂隐娘》是她的第一份编剧工作，海盟对朱天文也以天文相称，但谈起这些长辈级的工作拍档，言语却仍旧难免钦羡之情。