经此一役，日本帝国海军最大、最精锐的三艘航母在刹那间变成了漂浮着的水上地狱，联合舰队追求世界强权的半个世纪努力在瞬间化为灰烬。
1942年1月20日，即日本联合舰队开始其席卷印度洋的征程之前三个星期，美国驱逐舰“埃德索尔号”在澳大利亚达尔文港外击沉了日军潜艇“伊-124号”。一名美国潜水员潜入15米深的水下，从潜艇残骸中捞出了日本海军专用的战略和战术密码本，转交给罗彻福特中校领导的夏威夷信号情报监听和破译站。该站的24名工作人员经过两个多月的紧张工作，成功破译了日军向莫尔兹比港出击的军事密令，旗开得胜。进入5月份，他们发现一个记作“AF”的代号在日军通信中出现得越来越频繁，遂推测这是敌方下一步的进军目标。
罗彻福特怀疑“AF”的真实位置就是距夏威夷只有1130海里的中途岛（Midway）。为了证实这一猜想，他提议由太平洋舰队司令部授权中途岛基地指挥官拍发一份明码电报，宣称岛上的海水淡化设备发生故障。两天后，监听站果然截获到了威克岛的日军向上级报告“AF缺乏淡水”的密电，敌人的进攻方向遂告揭晓。
中途岛这个位于中太平洋的小小岛礁直到1859年才被美国探险家发现。1903年，西奥多·罗斯福总统下令在岛上建立海军无线电台，并进驻陆战队加以把守。在那之后的30多年间，这里只是美国太平洋防御体系中极不起眼的一角，驻军不过2400人，飞机100余架。但在1942年的春夏之交，这里却吸引了美日两国海军全部的注意力——一方是刚刚在东南亚和印度洋取得了一连串胜利的日本联合舰队，兵强马壮、趾高气扬；另一方则是开战以来连遭败绩的美国太平洋舰队，虽然斗志犹存、但兵力处于明显劣势。日本舰队向中途岛进发的日期是5月27日，1905年的这一天，东乡平八郎海军大将在对马海峡歼灭俄国波罗的海舰队，奠定了日本在对俄战争中的最终胜利。而美日两国舰队在中途岛的相遇，也将决定太平洋战争的发展轨迹。
大而无当的计划
20世纪30年代，日本海军军令部制订的对美战争计划是一个复杂的“持久战”版本，它计划首先占领太平洋上的岛屿、将其建设为要塞，随后静待美军从本土赶来迎击，最终在中太平洋实施战略决战、将美国舰队一举歼灭。不过1939年出任联合舰队司令长官的山本五十六大将对此提出了反对意见，他认为：资源匮乏、工业产能不足的日本承受不了长期战争的压力，唯一的胜算是在战争初期就全力进攻、力争迅速歼灭美国太平洋舰队，随后与美方缔结和约，保住初期取得的战利品。突袭珍珠港正是这种“速决战”思维的体现。
在太平洋战争的前5个月，山本和军令部大致维持了一种相安无事的状态：联合舰队在开战的第一天就摧毁了美国太平洋舰队的大部分战列舰，随后又挥师西进，将英国东方舰队逐出了印度洋。军令部所期待的控制荷属东印度群岛、在南太平洋建立立足点的目标也在1942年初春如期完成。但紧接着，双方的分歧就重新开始凸显：山本认为，美国的战列舰虽然已经丧失战斗力，但其航空母舰却仍在活跃；为达到斩草除根的目的，有必要向东发起一场攻势、引诱美军航母出现，以便将其一网打尽。进攻中途岛正是这样一项“引蛇出洞”的计划。军令部则认为，盟军正在将澳大利亚建设为发动战略反攻的后方基地，为防止日本的太平洋防御圈被这一举动所破坏，应当立即派兵南下，占领与澳大利亚隔海相望的新几内亚岛莫尔兹比港。
正当“东进派”与“南进派”展开激烈争论之际，1942年4月18日，美国陆航杜立特中校率领的16架B-25型轰炸机从“大黄蜂号”航母上起飞，对东京、名古屋、大阪和神户发动了一次空袭。尽管这一行动仅仅炸毁100多间民宅、炸死炸伤日本平民450余人，却为山本的“东进论”提供了最有力的论据。4月底，军令部最终确认将在6月份实施东进作战计划，但在此之前，他们依然希望能把实施南进作战的部队运往目的地。