当年3月1日，第一机动舰队的编组大体完成。日本海军改变了过去以战列舰为决战部队、航母仅承担前期打击任务的做法，将拥有5艘战列舰的第二舰队降格为第三舰队（航母部队）的掩护者，表现出难得的进步。另一项改革措施是“空地分离”，即改变过去舰载机从属于母舰的做法，将它们按照战斗机、攻击机、俯冲轰炸机的类别各自编成航空队，每支航空队部署在2～3艘航母上。一支航空队在战斗中遭遇严重损失后，立即以同类型的其他部队补上缺口，尽可能保证一线部队的作战能力，避免出现珊瑚海之战后“航母等飞机”的状况。
在改革舰队编成和飞行队体制的同时，联合舰队也在继续强化航母特遣舰队的战斗力。除去“翔鹤号”、“瑞鹤号”、“瑞凤号”、“隼鹰号”、“飞鹰号”这5艘久经沙场的老舰外，潜艇母舰“大鲸号”被改造成轻型航母“龙凤号”，水上飞机母舰“千岁号”和“千代田号”也被改造成航空母舰，另外还新建了3万吨级的装甲航母“大凤号”。到1944年4月中旬，第一机动舰队的兵力已经增加到3个航空战队、共9艘航母：第一航空战队下辖“大凤号”、“翔鹤号”和“瑞鹤号”，搭载第601航空队的225架飞机；第二航空战队下辖“隼鹰号”、“飞鹰号”和“龙凤号”，搭载第652航空队的135架飞机；第三航空战队下辖“千岁号”、“千代田号”和“瑞凤号”，搭载第653航空队的87架飞机。将近450架飞机的兵力超过了奇袭珍珠港时的南云舰队，是日本海军史上的巅峰。较老的九七式攻击机、九九式轰炸机和早期型零式战斗机也被全新的型号所取代，以提升攻击力。
问题在于，日军现在凑不齐足够数量的熟练飞机员来驾驶这些新飞机。战争爆发前，日本海航倾全国之力才培养出不到600个合格的舰载机搭乘组，这部分人员到1942年底已经损失殆尽。在随后的基地航空战中，由于岸基飞机消耗速度极快，联合舰队不得不频繁命令航母舰载机转移到陆上基地、参与前线战斗。从1942年底到1943年11月，日本海陆军在所罗门群岛和新几内亚岛空域共损失飞机7096架、搭乘员9000余人，参战的航母飞行队平均重建（所有飞机和人员全部丧失，被迫重新开始编练）3次。到1944年春，又一次重建完毕的舰载机搭乘组大部分只有200～300小时的飞行经验，在航空学校只接受过起降、编队、投弹等最简单的训练，在海上甚至无法发现指定的攻击目标。1941年底，南云舰队中只有14%的飞行员空中经验不足一年；而在1944年6月，第601航空队的飞行员居然有51%的人空中经验还不到9个月。这样的“菜鸟”，战斗力可想而知。
比飞行员素质更奇葩的是日本海军高层“燃料至上”的思维。进入1943年底，随着美军潜艇对日本控制区的交通封锁愈演愈烈，从荷属东印度群岛向日本本土运输原油的线路已变得时断时续。有鉴于此，联合舰队决定让小泽舰队离开保障设施完善的濑户内海，驶往靠近原油产地的东南亚进行备战。他们选中的集结地是菲律宾吕宋岛与帛琉群岛之间的塔威—塔威环礁，此地距离盛产原油的婆罗洲打拉根岛只有170海里，可以直接使用未精炼的原油作为燃料。但塔威—塔威的停泊场面积不足，容易被潜艇封锁，实际上并不适合充当航母训练地。
1944年5月12日，“翔鹤号”、“瑞鹤号”和“大凤号”三艘航母在两艘重巡洋舰和大批驱逐舰的簇拥下驶离基地，于15日抵达塔威—塔威，第二、第三航空战队的6艘航母也相继赶来。一时间，小小的塔威—塔威齐集了包括9艘航母、6艘战列舰、11艘重巡洋舰、2艘轻巡洋舰、33艘驱逐舰和12艘辅助舰艇在内的庞大舰队，这也是1942年10月以来联合舰队规模最大的一次集结。按照小泽中将的部署，第一、第三航空战队的6艘航母将在18日一早驶往苏禄海，进行舰载机起降和投弹练习。但这一动向很快被无孔不入的美国潜艇察觉到：5月22日，一艘美军潜艇朝“千岁号”发射了2枚鱼雷，该舰侥幸躲过一劫；两天后，给油舰“建川丸号”在驶入泊地前遭到伏击，被3枚鱼雷击沉。为避免无谓的损失，小泽不得不命令航母停止出海，只在5月31日进行了一次训练。
结果，第一机动舰队在塔威—塔威总共停泊27天，只进行了两次出海训练，事故率却高得惊人——截至到6月13日，9艘航母在训练中共损失飞机56架，搭乘员死亡66人；其中第601航空队摔掉33架飞机，搭乘员死亡51人。决战尚未开始，八分之一的舰载机就凭空蒸发，日本人只能自嘲说：“这是最新的自消自灭战法。”
另一支决战部队基地航空队的情况也好不到哪里去。角田觉治中将指挥的第一航空舰队拥有1464架飞机，部署在内南洋的12个岛屿基地，理论上到1944年5月底即可具备战斗力。不过大本营为了应付从中太平洋节节逼近的美军航母，频繁调用已经整备完成的部队到前线救急。从1944年2月起，角田麾下的飞机陆续投入到对美军来袭飞机的反制战当中，损失了将近一半。到5月底“阿号作战”开始前，第一航空舰队真正可用的飞机只有637架，却要承担马里亚纳群岛和西加罗林诸岛两条战线的防务。角田把实力最强的第22航空战队（255架）部署在了关岛、特鲁克和雅浦岛，防守马里亚纳群岛的则是经验稍逊一筹的第61航空战队（339架）。