对高频交易的监管也紧锣密鼓。代理服务器（即容许券商将系统设置在接近交易所系统的位置，以加快传输速度）是目前重点监管的方向。该交易手段通过将高频交易公司的计算机服务器放置在某个交易所的数据中心附近，以缩短交易指令向交易所传递的执行时滞。这几乎已成为美国和欧洲所有大型股票和衍生品交易所的普遍做法。对于高频交易商，代理服务器是高频交易操作成功与否的命脉所在。他们必须以极快的毫秒速度获取最新的市场数据，以便更好地读取下一秒中某个瞬间间隙市场买卖盘价格信号可能的流动方向。根据许多交易所普遍实行的价格优先与时间优先规则，他们必须比所有的其他交易商更快地发送他们的报价，以使成功交易的概率最大化。
此前，投资者普遍担心当个人投资者输入买入指令，这个指令传达到交易所的同时会被高频交易员获取，知道了潜在客户的交易计划，代理服务器会抢在个人投资者之前买入这只股票，几毫秒之后，高频交易员再将这一股票加价卖给个人投资者。2009年，美国证监会已经明令禁止了此种行为。非但政府实施监管高频交易的行为，一些民间人士亦参与监管，对可疑报单予以举报。
相对于海外的蓬勃发展，中国的高频交易却完全处于灰色地带。2013年8月的“光大乌龙指事件”，让很多市场人士对高频交易谈虎色变。严格地讲，那次批量买卖很难被界定为高频交易，A股交易实行严格的T+1交割机制，当天买入第二天才可以卖出，对于高频交易商，一晚上行情的不连续构成了致命的危险。另外，高频交易对交易数据的要求非常苛刻，需要精确至毫秒，目前国内所有交易所的数据披露都不能达到国外对高频交易的要求。倾向于散户的监管也制约着高频交易大举进入国内市场。
证监会对A股投资者的过度保护却埋下了隐患。股指期货推出资本市场第一次具有了做空功能，划时代的变革面前，A股交易制度却未改变。一个T+0，一个T+1，两个市场于是形成了难以弥合的矛盾，套利空间也由此打开。而高频交易正是因为市场中存在着显著的无风险套利空间而存在。股票的大起大落更是为高频交易提供了理想的套利场所。当股灾中千股跌停，半数股票都停牌的时候，普通的交易员需要一笔一笔地计算着这些停牌股票对ETF基金市值的影响，而高频交易软件本来就是为此设计，瞬间就能给出新的估值。也正因此，股指期货成为股灾的替罪羊，而股灾过后，一系列高频交易商成为监管层严厉打击的对象。伊世顿之外，被证监会罚款7.3亿元的青岛东海恒信也是一家高频交易商，罪名是在自己实际控制的账户之间进行180ETF交易，影响180ETF交易量，变相进行180ETF与相应成分股日内回转交易套利，非法获利1.84亿余元。
不用说，东海恒信和伊世顿操纵市场的行为若发生在海外，很快就会被戳穿，海外的高频交易已经相当规范。
在海外，高频交易之所以饱受诟病却屹立不倒，就是因为它们以巨量报单为他人的交易提供了流动性，而不同市场、不同品种间的差距的弥合，也促进了整个市场的定价效率。中国资本市场改革步伐不平衡，股票市场定价效率低下，交易制度的改进全在股指期货上面试点，交易佣金降低到了几乎全球交易所最低水平，交易之便利，也无出其右。加之中国资本市场的不开放，机构和散户的投机需求全部被引导到了期指之中，等于是为不受监管的量化交易打开了方便之门。
资本市场的改革，一直处于“摸着石头过河”的状态，各个市场间充斥着断裂带，给了伊世顿这样的掠食者无风险暴富的空间。但愿伊世顿赚走的20亿元，给顶层设计出台又多了一个支撑点。