打击网络恐怖主义的一个力作就是对尤尼斯的摧毁。英国调查得出的情报包括汽车炸弹准备过程、在华盛顿特区的指令位置。但这些恐怖分子的学习能力同样惊人，尤尼斯刚刚被抓，避过执法和情报机构耳目的新加密技术手段又在论坛里开始了“新知识”普及。一个老生常谈的问题是，为什么美国中央情报局没有封杀那些网站呢？回顾美国联邦调查局上世纪40年代以来收集情报的主要渠道就是敌对势力的报纸杂志，联邦调查局一直在收集和翻译这些危险网站。除了侦测情报，确定哪些极端组织的网站“最重要”一直是美国政府的难解之题。这些网站信息，视频下面更新的“圣战士兵”回复可能是一条重要的情报链。2012年12月，“基地”组织的顶级论坛Shamukh al-Islam被关闭。消息人士认为，该站被关闭，主要是受到美欧情报机构的压力所导致。虽然该论坛在两个月后重新上线，但在这一次关站行动之后，“基地”组织及其全球拥趸们开始加速对他们的网络活动模式进行调整——将“圣战”宣传从Web论坛向社交媒体迁移。
也有政治专家分析，正是因为摧毁了“蜂巢”，蜜蜂才会到处乱飞。确实，欧美民权人士一直反对利用《查理周刊》事件扩大政府监视权的企图。欧洲和美国，有关互联网公司和电信运营商是否应该完全配合情报机构工作的争论始终不休。
新恐怖主义下的新媒体
2014年国际知名智库伍德罗·威尔逊国际学者中心的教授、来自以色列海法大学的加布里埃尔·威曼（Gabriel Weimann）发布了报告《新恐怖主义与新媒体》。他呼吁警惕社交媒体变成恐怖组织新阵地，并解释了恐怖组织是如何运用各个新媒体渠道来吸引居住在欧洲、美国乃至全世界的目标受众——年轻人。“恐怖分子的最重要目的是宣传、激化以及招募新人。”威曼指出，“社交媒体对他们来说是实现这一目的相当好的方式。”根据威曼这份引起全世界关注的报告显示，恐怖分子已经把大本营转移到了社交媒体上。“他们最喜欢的就是以保护用户隐私和言论自由而著称的推特。”全世界主流新闻媒体都在推特上有着广泛的影响力，读者也将其作为主要新闻来源。
2011年3月1日，恐怖分子乌卡（Arid Uka）登上德国法兰克福机场的一辆大巴实施自杀式爆炸袭击前的几小时，他还在网上看“基地”组织在YouTube上的宣传视频。2013年9月，恐怖组织伊斯兰青年党袭击了肯尼亚的一家商场（Westgate Mall），并在数小时后将袭击过程细节披露在推特上。该组织在推特上的账户在2011年底建立之后一直非常活跃，并获得了超过1.5万个追随者，其中包括不少记者和恐怖主义分析师。不仅是第一手实时报道媒体，推特甚至承担了恐怖组织内部沟通的任务。2014年8月美军空袭叙利亚的时候，叙利亚的“基地”组织就用推特的实时功能沟通紧急信息并组织反扑。另一个经常被提及的例子是，“叙利亚电子军”在2013年的4月23日侵入美联社的推特账号发布了一条有关白宫遭炸弹袭击、奥巴马受伤的假新闻，资本市场一瞬间蒸发1360亿美元。
恐怖主义发展速度一直紧跟互联网潮流。1988年在全球互联网发展的早期，世界上就已经有了12个恐怖主义网站。2003年4月“基地”组织第三号人物祖巴亚达被捕，他的个人计算机中发现了大量从一个秘密阿拉伯文网站上下载的机密资料。这些材料数量的峰值在“9·11”之前达到高峰。经过美国政府官员调查后证实，劫机者曾利用Yahoo和hotmail提供的免费信箱互相联络，包括接受指令和协调袭击计划。他们是网络工具的最先锋使用者，更令人惊讶的是，首位被监禁的嫌犯使用的hotmail邮箱“pilotz123@hotmail.com”正是他申请美国学校飞行训练的邮箱。本·拉登使用的加密卫星电话compact M型电话，是在纽约德尔帕拉卫星网络公司购买的。拉登用这台电话与阿塞拜疆、巴基斯坦、沙特、苏丹、埃及等地的成员联络了很久。公开运用互联网功能，对于“基地”组织、哈马斯运动以及一些穆斯林武装集团都早已熟练，尤其是针对西方国家的“圣战”，利用网络指挥恐怖分子一步步完成了“9·11”袭击。