曾经，一些学者认为，法国第一代穆斯林移民遭遇的融入问题可能会在第二代、第三代后裔身上自然消解。但现在，许多人都持有这样的共识：如果说法国的第一代穆斯林移民还有对祖国的民族身份认同，那么第二代、第三代的穆斯林既对他们遥远的母国没有概念，又不认为自己属于法国，他们的伊斯兰身份认同不是更弱而是更强了。2010年丹麦奥胡斯大学伊斯兰主义和极端主义研究中心在法国里尔进行了一项针对青年穆斯林族群的田野调查。接受采访的教育工作者普遍感到，17岁到25岁的年轻人更愿意在身上穿戴一些能够表现穆斯林身份的东西。一位性教育辅导员发现女孩子们开始热衷重建处女膜。他们的伊斯兰思想并不来自父母——因为父母并不解释，只是命令。许多人是在清真寺参与宗教活动、接触到一些穆斯林兄弟后才建立真正的宗教热情的。
法国社会并不是没有意识到这一问题。1993年，右翼的夏尔·帕斯格瓦出任内政部长，决定自上而下强化中央政府的权威，继续致力于伊斯兰教的本土化。他着手组建全法伊斯兰代表机构。但1995年5月，让·路易斯·德伯雷出任内政部长后一改帕斯格瓦的政策。虽然他承认，如果不将伊斯兰教纳入国家政教关系的框架，将无助于法国穆斯林移民特别是第二代移民的融合。但他更看重的是，政府参与创建“法国的”伊斯兰教可能会违反法国的“政教分离”原则，也可能会触及一些伊斯兰国家的利益，引起外交纠纷。
2003年4月，法国终于成立了法国穆斯林宗教委员会。举行代表选举时遇到的第一个问题是：在一个模糊处理公民宗教信仰的国家，谁有权利参与投票？一个折中的办法是，由各清真寺推举出代表。大清真寺会得到更多的席位，因为理论上他们代表着更多的穆斯林。但是一个清真寺的建立、规模和活动能力都需要有财政经费的支持。根据1905年的法案，这笔资金不能由法国的公共机关支付。而错综复杂的各种境外伊斯兰势力欣然填补了空白。法国当局却无权对资金总额进行评估和控制。
一个惊人的数据是，一项调查显示，2005年，在法国各地清真寺负责传教的1200多名伊玛目中其中75%不是法国公民，1/3的人不会说法语。
2003年选举中，在25个代行中央委员会职权的地区委员会中，法国伊斯兰组织联合会赢得了12个委员会的控制权。这个组织从沙特阿拉伯、阿联酋和科威特等国家获得大量资金。伊恩·约翰逊在《慕尼黑的清真寺》一书中提到它填补了一项官方不愿插手的社会服务。它属下的清真寺为妇女们提供校后辅导和日托服务。这会对法国穆斯林社会造成何种影响？法国穆斯林社会学家都娜·波扎尔曾是这种模式的支持者。她在2001年的一本书中提出，这类组织在法国社会和穆斯林移民之间起到了极有价值的联络人作用。它们的服务是在帮助穆斯林融入社会。但在观察了其后几年的事态发展后，波扎尔改变了她的看法。她认为，这种兼容并包的伊斯兰形式在人们四周编织起了一道屏障，让他们不必再与主流社会接触。教育往往受到阻断，职业生涯十分有限。“这是一种将社会割裂成两大阵营的观点：伊斯兰和非伊斯兰。他们有把一切都伊斯兰化的需求。”通过接受像法伊联这样的组织，西方政客们参与到这样一种范式中，默认伊斯兰激进分子所声称的，只有伊斯兰才是一切问题的答案的说教。
2007年，英国伦敦大学国王学院受欧洲委员会之托进行了一项名为“伊斯兰武装组织在欧洲的招募与动员”的调查。一位法国极端分子告诉调查人员清真寺对于穆斯林社区的重要性，在那里，人们会就一些社会和宗教的基本问题进行讨论。“怎样才能算是一个好的穆斯林？我们必须去伊拉克捍卫我们的穆斯林兄弟吗？如果我们一些穆斯林兄弟被媒体所宣扬的错误的伊斯兰形象所蒙蔽，我们需要去纠正他吗？清真寺正是回答这样一些问题的地方。”
2004年，法国政府关闭了造就阿尔哈基姆兄弟的巴黎19区清真寺。近些年来，安全和情报部门对清真寺的监控越来越严格。一些激进的传教活动越来越转入地下。但它们依然能够占据任何属于防范的空间。无论是袭击《查理周刊》的两兄弟，随后在巴黎犹太超市劫持人质的枪手库利巴利，还是近年来法国伊斯兰极端运动中其他一些主要人物，他们都曾在入狱期间发生了转变并走向激进化。法国高等社会科学院社会学教授法哈德·霍斯罗哈瓦尔（Farhad Khosrokhavar）在一篇文章中指出，据估计，穆斯林占法国监狱关押人数的一半左右。在一些大城市附近的机构中，穆斯林所占比例还要更多，尤其是收容短期服刑犯人的拘留所。这些监狱往往并不理解穆斯林的宗教诉求。一位阿尔及利亚裔的年轻法国囚犯在2013年对霍斯罗哈瓦尔说：“假如你是个穆斯林，又要求参加周五祈祷会，他们就会把你的名字记下来交给情报处（相当于法国的FBI）。”他还说：“如果我想要带着我的祈祷垫去院子里，他们会不允许。如果我留了胡子，看守就会叫我本·拉登，嘲讽讥笑我。他们就是恨伊斯兰教。但伊斯兰可以报仇！”
根据霍斯罗哈瓦尔的统计，在全国范围的监狱中，大约每190名犯人才拥有一名穆斯林牧师，剩下由那些自我任命的乌里玛来做宗教指导。这为极端思想的传播留下了很大空间。“伊斯兰在法国已经变成了一种反抗压制的宗教。”在一个充满边缘心态和受害、受困感知的环境里，基于对伊斯兰教的大概理解，暴力诉求和宗教狂热很快就能嫁接起来。