弹性课表
在清华附小很难回答几点上课、几点下课的问题，课程表上的科目也和传统教学显著不同。比如这个学期一年级的课表，科目分成“语言与人文”、“数学与科技”、“体育与健康”、“艺术与审美”、“品格与社会”五大模块，课时也长短不一，有10～15分钟的晨诵、习字和暮省，35分钟的基础性学科教学，还有长达60分钟的阅读课、科学实验课等，最长的是应用创新和戏剧课程，课时长达90分钟。
在一年级当班主任的代养兵主讲“数学与科技”，内容涵盖了数学、科学、创新思维课、实验课等，每节课几乎都是数学和科学两个科目的有机结合，所以统一概括为“数学与科技”。给一年级小朋友讲抽象的数学，他们很难理解，所以老师们常常会用卡通动画的形式。比如讲加法，代老师在幻灯上投影一个南极企鹅的图片，冰川的这一侧站了四只小企鹅，另一侧站了五只。“给这么小的孩子讲课要揣摩好他们的心理，提前做准备。我猜到他们一定会被图上的小企鹅吸引，果然课上学生问：‘这些企鹅长得不一样，老师不是说过，不同类不能做加法吗？’所以课的前几分钟先给他们讲企鹅的分类，告诉他们虽然样子有差别，但它们都是企鹅。这就不是数学课了，而是科学课。”
不算晨练和下午15点半左右放学后的课外兴趣小组，清华附小的学生们每天还会上一节不少于30分钟的体育课。总的课时没有增加，体育、阅读、戏剧等课程所占比重却不小，教学大纲里要求的40分钟课时被缩短到了35分钟，这才给那些额外增加的课程腾出了时间。海淀区几次对高年级学生进行成绩测评，清华附小一直排名前列，说明教学大纲所要求的基础教学内容并没有受到影响。清华附小的孩子几乎全都是清华子弟，学生家长整体素质高，孩子的基础也好，但这只是一个很小的因素，有限时间之所以能用来扩展更多的内容，要归功于清华附小不断探索的课程整合项目。
清华附小校长窦桂梅很早就注意到，有些课堂，孩子显得特别心不在焉。《长江之歌》分别出现在六年级的语文和音乐教材里，语文课上，老师带着学生了解背景、阅读、听歌曲，到了音乐课，老师又从零起点教学，大量铺陈关于长江的背景知识，然后让学生视唱，学生丝毫没有跃跃欲试的感觉，似乎只是在耐心地配合老师。她发现小学的不同学科内容里，有很多交叉的知识点，不但损失了学生的时间和注意力，有时也给学生的理解造成困难，比如三年级上学期的语文第一单元学习颜色的词汇，但下学期的美术课才重点教授色彩，“学生对很多颜色都还不了解时，很难去掌握那些复杂的词汇，像这样的课就应该整合在一起上”。
当然，整合并不限于将不同学科内容合并同类项。清华附小有一个“1+X课程”的提法在全国基础教育学界非常有名，“1”是指优化后的国家基础课，“X”是学校研发的个性发展课，两者的比例大约为7∶3，相互之间也并不是简单叠加，而是有机融合在一起，形成一个合理的课程结构，既学好核心知识，又培养运用知识、探究问题和动手实践的能力。比如数学的“1+X课程”，“X”是指数学阅读、游戏与探索、数学建模等内容，代表“1”的基础内容也要注重数学与儿童生活的融合，并努力改变长久以来学生只是把数学当作技术和工具、缺失理智情感和文化意识的问题。比如四年级“人与工具”的主题课程，课本中只有关于人类计数历史的简单介绍，但学校老师认为这个问题很重要，专门开发了一节《从古人计数说起》的课程，让学生回到远古时代，没有数字，也没有纸和笔，要想办法记下猎物有多少。学生在这个过程中一一体会从身体计数到石子计数，再到一对多的简化计数、绳结计数、刻痕计数等，接着又尝试用古埃及象形数字、玛雅数字、中国算筹来解决大数产生后的计数问题，由此体会中国算筹采用十进制的简便和神奇。