• Windows PE 不支持 .NET Framework。
• 因为不支持 Windows on Windows (WOW)，所以在 32 位版本的 Windows PE 中不能运行 16 位应用程序，而在 64 位版本的 Windows PE 中不能运行 32 位应用程序。
• 为防止将 Windows PE 作为通用操作系统使用，在初始引导程序启动 24 小时后，将自动重新启动 Windows PE。
此外，Windows PE 仅有一个 Windows Vista Win32 应用程序编程接口 (API) 的子集，其中包括 I/O (磁盘和网络)和核心 Win32 API。需要下述任意一个 Win32 API 的应用程序将不能在 Windows PE 中运行：访问控制、NetShow Theater Administration、OpenGL、电源管理选项、打印和打印假脱机系统、静止图像、磁带备份、终端服务、用户配置文件、Windows 站和桌面、Windows 多媒体以及 Windows shell。
• Windows PE 不适合在软盘中提供，但您可将 Windows PE 映像写入到可引导 CD 中。
• Windows PE 需要一个与“视频电子标准协会”(VESA) 兼容的显示设备，并将使用它能确定支持的最高屏幕分辨率。如果 Windows PE 不能检测视频设置，它将使用 640 × 480 像素的分辨率。
• Windows PE 仅对独立 DFS 根目录支持“分布式文件系统”(DFS) 名称解析。
• 您不能从另一台计算机访问运行 Windows PE 的计算机上的文件或文件夹。换言之，Windows PE 不提供服务器功能。
• 计算机必须有最低 256 MB 的 RAM。
• Windows PE 既支持 IPv4 又支持 IPv6，但它不支持其他协议，如网间分组交换/顺序分组交换 (IPX/SPX) 协议。
• 会话间的驱动器符号分配是不固定的。重新启动 Windows PE 后，将按默认顺序分配驱动器符号。